雌鹿的生殖器官由内部和外部生殖器官两大部分组成。内部生殖器官由性腺与生殖道组成；外部生殖器包括尿道口、生殖前庭、阴唇、阴蒂。雌鹿内部生殖器官有卵巢、输卵管、子宫和阴道组成。鹿的卵巢左右各一，呈豌豆形，长、宽和厚各约2厘米、1厘米和5厘米，重约20克，表面光滑，可见少量31毫米的卵泡。鹿卵巢附着于子宫阔韧带前方的卵巢韧带上，一般位于子宫角尖端外侧。卵巢前端连于输卵管系膜，输卵管系膜与卵巢固有韧带之间形成较深的卵巢囊。
雌鹿卵巢的组织分为皮质部和髓质部。皮质内含有卵泡、卵泡的前身和黄体。皮质部的基质是结缔组织，接近表面的结缔组织细胞排列大体上与卵巢表面平行，比靠近髓质处略致密，为白膜，白膜外表盖的生殖上皮。髓质内含有许多细小的血管神经，它们由卵巢门出入，卵巢外成群较大的门细胞，具有分泌激素的作用，在妊娠时，门细胞增多。雌鹿在幼年时，生殖上皮为柱状或立方细胞所构成，随年龄增长，这些细胞多为扁平的。鹿的初级卵泡在性成熟以前是由白膜下面的新生层所产生。在初情期以前，卵巢的皮质内含有许多初卵泡，为雌鹿的繁殖奠定了基础。卵巢的功能是产生卵子及分泌激素。卵巢皮质部拥有大量的初级卵泡，它主要由卵母细胞和周围的单层卵泡细胞构成。它经过次级卵泡的生长卵泡和成熟卵泡，最后排出卵子，排卵后在原卵泡处形成黄体。卵泡在发育过程中，其卵泡细胞外的两层卵巢皮质基质细胞形成卵泡膜，其血管性内膜能分泌雌激素，它是雌鹿发情的直接因素。排卵后，在原排卵处颗粒膜形成皱褶，增生的卵泡细胞形成索状，从卵泡腔周围辐射状延伸到腔的中央形成黄体。输卵管是卵子进入子宫的必经之路，包在输卵管系膜内，管径细而弯曲，长23厘米，位于卵巢与之宫角之间。输卵管接近卵巢处扩大成漏斗状，面积约22厘米，边缘有许多突起，呈瓣状，称为输卵管伞，其前端附着在卵巢前部。漏斗的中心有输卵管腹腔孔，与腹腔相通。输卵管前端（近卵巢端）管径较粗，33毫米，称为壶腹，是卵子受精的地方。其后端较细，称为峡，其末端（近子宫端）经输卵管子宫孔与子宫角相通，称为宫管接合处。由于雌鹿的子宫角逐渐变细而转变输卵管，因而没有明显的宫管结合处。卵巢排出卵子后被输卵管接纳，借纤毛活动将卵子移入漏斗，进入壶腹。精子卵子结合受精，以及卵裂均在输卵管内进行。在卵巢激素影响下，输卵管分泌细胞在发情时分泌大量黏蛋白及黏多糖，它是精子运载工具，也是精子、卵子及早期胚胎的培养液。输卵管及其分泌物的理化状况是精子、卵子正常运行、正常发育的必要条件。子宫是胎儿孕育成熟的场所，它由子宫角、子宫体及子宫颈三部分组成。子宫角是成对器官，向后连于子宫体，左小右大。左子宫角长1厘米，直径3厘米；右子宫角长3厘米，直径1厘米。子宫角弯曲成螺旋形，先向前下方延伸，然后转向后上方，再向前，最后又转向后，连于输卵管。每侧子宫角各有2个子宫绒毛叶阜，大小2厘米。子宫体较短，长约3厘米，直径约1厘米。子宫颈位于子宫体之后，阴道之前。长约2厘米，子宫壁很厚前端与子宫体相通，其开口称为子宫颈内口。后端突入阴道内，其开口称为子宫颈外口。子宫颈内有22个皱褶，皱褶较紧，怀孕及间情期密闭，发情时稍为开放，输精器不易通入，应顺子宫颈螺旋状结构旋转插入输精器。子宫颈是子宫的门户，防止异物侵入子宫。子宫颈黏膜上皮为柱状细胞，内含发达的柱状细胞，发情时分泌较多黏液，是交配的润滑剂。怀孕时柱状细胞分泌黏液闭塞子宫颈外口。分娩时颈管开张，以便胎儿排出，子宫颈是精子的选择性贮库之一，它可将一些精子导入子宫颈黏膜隐窝内，滤剔缺损和不活动的精子，阻止过多精子进入受精部位。在发情季节的一定时期，雌鹿子宫内膜分泌前列腺素36对卵巢发情周期黄体有溶解作用，以致黄体机能减退，垂体前叶大量分泌促卵泡素，引起卵泡发育成长，导致发情；运送精子进入输卵管，分娩时子宫以其有力的收缩排出胎儿；子宫内膜的分泌物和溶出物等为精子提供获能环境，又可为孕体提供营养，是胎儿发育的场所。阴道是交配器官也是排出器官，它位于盆腔内，背侧为直肠，腹侧为膀胱，后部为尿生殖前庭，阴道壁由肌层和黏膜层构成。黏膜上有纵行皱襞，阴道前端和黏膜还有环状皱襞。外生殖器官由尿生殖前庭、阴门和阴蒂组成。尿生殖前庭，为由阴瓣至阴门裂的一段短管，长约3厘米，是生殖道与尿道的共同管道，在阴道口的下方有尿道开口，后方开口于阴门。黏膜形成许多纵行皱褶，在其壁上有一排前庭腺的开口。阴门位于肛门下方，二者间为会阴部。阴门两侧为阴唇，中间的裂缝称为阴门裂。两阴唇上下相接处为阴唇上、下连合。阴门下联合内侧有阴蒂，阴蒂主要由海绵和神经组织构成。
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