雄鹿生殖器官包括睾丸、附睾、输精管、尿生殖道、精索、副性腺、阴茎、包皮、睾丸囊。雄鹿睾丸长2,厘米，宽2厘米，厚1厘米，重约2%克，是长椭圆形成对器官，位于阴囊内。睾丸头向上与附睾头相邻，睾丸尾向下，后缘与附睾体相近叫附睾缘，前缘凸出叫游离缘。睾丸产生精子分泌激素。
雄鹿附睾位于阴囊内，与睾丸附睾缘相邻分为附睾头、附睾体和附睾尾三部分。附睾头位于睾丸头上部及睾丸游离缘上3部分，宽1厘米。睾丸及附睾丸头中的精子活力差，无受精能力或受精能力差，存活时间短。附睾体较窄，宽5厘米，沿睾丸附睾缘延伸，由浆膜韧带与睾丸相连。附睾体很长，精子通过其中脱水收缩，获得一层具有保护作用蛋白质外膜，并发育成熟。附睾尾宽3厘米，附睾尾向下由附睾韧带与睾丸尾相连附睾韧带由附睾尾延伸到总鞘膜，形成阴囊。附睾尾精子的活动力和抵抗力较强，受精力比附睾头精子强的多。附睾是精子贮存的地方，其中近贮存在附睾尾部。阴囊位于两股之间，耻骨前方，内有睾丸，附睾和部分精索。阴囊外层为较薄的皮肤，中层为弹性纤维和平滑肌形成的肉膜，肉膜在睾丸囊正中将其分为左右互不相通的两半。总鞘膜在阴囊最内层，固有膜包在睾丸、附睾及部分精索的表面。阴囊热天松弛，冷天皱缩，是保持精子正常生成的温度调节器官。输精管是由附睾管延续而来，长1厘米，直径2厘米，沿附睾尾上行到附睾头，经腹股沟管进入腹胫，转向骨盆腔，最后开口于尿道。
尿生殖道为膀胱颈向后的直接延续，在骨腔内位于直肠腹侧，出骨盆腔绕过从骨弓后，急转向前，在阴茎的腹侧向前行，最后开口于阴茎头，末端突出于阴茎为尿道突。副性腺共有三对，即精囊、前列腺和尿道球腺。射精时它们的分泌物，加上输精管壶腹部分泌物混合在一起称为精清，与精子共同组成精液。
精囊分泌乳白色黏稠液体，可提供精子代谢所需能量，刺激精子运动，具有缓冲作用；前列腺长3厘米，宽2厘米，分泌稀薄，淡白色液体，呈弱碱性，可调节生殖值，清除精子中代谢产生的，激化精子；尿道球腺位于尿生殖道骨盆部后部的背侧，呈球形。繁殖季节大如红小豆，非繁殖季节小如小米粒。索位于睾丸囊与腹股沟管内。精索最宽处2厘米，最厚处-厘米，内有动脉、静脉、神经和输精管通过。阴茎是具有交配和排尿双重作用的器官，呈两侧稍扁的圆柱体，5厘米，粗2厘米。表面有白膜，内部主要由纤维组织和海绵体构成。包皮是由皮肤凹陷而发育成的皮肤褶，长1/50厘米，它起于阴囊后部腹壁，沿阴茎两侧向前延伸，止于阴茎头，在不勃起时，阴茎头位于包皮腔内。
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