鹿的消化系统由口腔、咽、食管、胃、肠（小肠、大肠）、肛门和消化腺组成。根据饲料经过消化道的部位不同，把整个消化过程分为口腔消化、胃的消化和肠的消化三个阶段。口腔消化过程从采食开始，鹿借助于视觉，嗅觉和发达的味觉，有选择地采食饲料和饮水。鹿食入饲料后，在口腔中借助于牙齿的机械性磨碎进行粗糙的咀嚼，并混入唾液进行初步加工，然后吞咽。吞咽后的饲料先进入瘤胃湿润和软化，暂时贮存，等鹿开始休息时，食入的饲料通过逆呕动作，又被重新返回到口腔，再次混入唾液进行彻底咀嚼，然后再成食团，咽入瘤胃中去，此过程称反刍。仔鹿出生后-周左右即可出现反刍现象。反刍是鹿的生理机能，也是一种生物学适应。健康鹿反刍一般在食后6小时开始，每昼夜3次，每次23分钟。反刍对鹿的消化代谢是必需和重要的。鹿为反刍、复胃动物，胃有瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃（真胃）四个部分。前三个胃为无腺胃，皱胃有消化腺分泌胃液。瘤胃消化：鹿的瘤胃中有着极其复杂的微生物区系，包括细菌和原生虫（纤毛虫）两大其中细菌占瘤胃微生物的绝大部分，并且以嫌气性细菌为多，食料进入瘤胃后，微生物区系与饲料相互作用，进行着强烈的生物化学反应和消化作用，构成瘤胃微生物对饲料消化的特殊机能。网胃内微生物含量也较高，对饲料消化起着一定的作用。当食物经过瓣胃时，粗糙的食物在瓣胃机械性作用下，被进一步磨碎，水分连同细小的食糜被挤入真胃，因此，瓣胃起着滤过器的作用。真胃黏膜上的腺上皮能连续不断的制造、分泌胃液，胃液主要成分是盐酸和胃蛋白酶。饲料进入真胃后在胃蛋白酶作用下，饲料蛋白质被分解为鹿体易吸收的朊和胨。食糜经胃进入小肠后，在肠胰液，胆汁和小肠液及蛋白水解酶、淀粉酶、脂肪酶等消化液的作用下，立即得到消化液的化学作用和小肠的机械作用，大部分营养物质被消化成可吸收状态，如蛋白质分解终产物氨基酸，糖类分解终产物葡萄糖，脂肪分解终产物甘油和脂肪酸，均被小肠消化吸收，因此，小肠内的消化是重要的消化过程。鹿无胆囊，胆汁由肝脏内粗大的胆管汇集经总胆管流入十二指肠，参与消化作用和消化液的分泌调节作用。大肠与瘤胃相似，也含有大量微生物，大肠对进入大肠的食物残渣进行进一步的消化吸收。大肠主要消化的是食糜残渣中的纤维素，鹿饲料中有的纤维素是在大肠微生物的作用下被发酵、分解、消化、吸收的。因此，大肠的消化主要是生物学消化，而机械消化和化学消化则很弱。大肠内末被消化的物质形成粪便被排出体外。鹿的粪便呈椭圆形，健康粪便一般为黑褐色或黄褐色，每日可排粪2-16次。鹿对饲料的消化，从口腔咀嚼、反刍、唾液分泌直至瘤胃内的微生物活动，是由物理、化学和微生物三方面综合作用的效果，这三种消化方式是互相联系、相互协调的。鹿为复胃、反刍动物，具有食性广，耐粗饲的消化特点。在消化过程中，反刍和暖气是鹿健康状况的重要标志。健康鹿嗳气平均每小时15-16次。鹿只有在反刍、嗳气正常情况下，瘤胃才能分解、消化、利用纤维素，才能充分利用各种不同的饲料。盐是有蹄类动物的特殊食物。梅花鹿在2-16月份有舐盐的习性。鹿通常是不吃动物性饲料的，但偶尔也捕捉一些小型啮齿类动物吃。
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