1．主要微生物 收获后的青饲料，表面上带有大量微生物，如腐败菌、乳酸菌、酵母菌、酪酸菌、霉菌等。1千克青绿饲料坤可达10亿个，如不及时处理，腐败菌就会繁殖，使青饲料发生霉变、腐烂。青贮是一个发酵过程，各种微生物不断发生变牝，其中乳酸菌是青贮成功与否的关键性微生物，在青贮时，要促进乳酸菌的形成，抑制其他有害细菌的繁衍。 在青贮过程中主要出现以下几种主要微生物：
乳酸菌：乳酸菌是促使青饲料发酵的主要有益细菌。革兰氏阳性的无芽孢微生物，能使糖分发酵产生乳酸，乳酸可以被家畜吸收利用。
乳酸菌是厌氧细菌，在适当的水分和厌氧条件下繁殖旺盛，耐酸力强。并能使单糖和双糖分解生成大量的乳酸。乳酸的形成，一方面为乳酸菌本身生长繁殖创造了有利条件；另一方面酸性环境抑制其他细菌的繁殖，如腐败菌、酪酸菌。乳酸菌积累的结果，使酸度增加，乳酸菌自身也受到抑制而停止活动。在品质优良的青贮料中，乳酸含量一般约占青贮饲料量的1％～2％，pH下降到4.2以下，只有少量乳酸菌活动，大量的乳酸菌停止了活动。
酪酸菌：酪酸菌也叫梭状芽孢杆菌、丁酸菌。革兰氏阳性，能生成芽孢，有游动性。在厌氧条件下生长，能分解糖、有机酸和蛋白质，是青贮饲料中的有害微生物。酪酸菌繁殖后，使饲料发臭变质。在青贮过程中避免大量土壤污染，酪酸菌数量就会减少，而且它严格厌氧，耐酸性差，只要在青贮初期保证严格的厌氧条件，乳酸菌有足量积累，pH迅速加降，酪酸菌就不能大量繁殖，青贮饲料的质量就可以有保障。
腐败菌：腐败菌的种类多，适应性强，无论厌氧、有氧条件下均能生长繁殖。腐败菌能使蛋白质、脂肪、糖类养分分解成氨、二氧化碳、甲烷、硫化氢和氢等，不但使饲料失去营养物质，产生臭味、苦味，使饲料腐烂，导致青贮的失败。
腐败菌在青贮原料中存在数量最多，危害性最大。但它不耐酸，当乳酸菌大量繁殖，pH下降到4.4时，氧气耗尽的情况下，腐败菌则受到抑制。所以青贮过程中严禁漏气。若水分过大，酸度不够，腐败菌就会乘机繁殖，使青贮饲料品质变坏。
醋酸菌：醋酸菌为好气性细菌，在青贮初期，空气多时会大量繁殖，使青贮饲料中的乙醇变为醋酸，降低饲料品质。所以在青贮时，应注意保护乳酸菌繁殖环境，控制醋酸菌的发展。
酵母菌：一般认为，酵母菌能利用青饲料中的糖分进行繁殖，可增加青贮饲料的蛋白质含量，同时生成乙醇，使青贮饲料有一种清香味。但在青饲料中糖分不足时，酵母菌引起的乙醇发酵会造成糖分减少，影响乳酸菌的生长繁殖，尤其是当青贮装填不紧，酵母菌在有氧的条件下繁殖时，还能分解各种有机酸、乳酸争夺糖分，破坏青贮环境；不过，在正常情况下，酵母菌只在青贮初期繁殖，随着氧气的减少和乳酸菌的繁殖积累，会很快得到控制。
霉菌：霉菌为好气性、喜酸的微生物。霉菌广泛存在于青贮原料的表面，它使纤维素和其他细胞壁分解，还能通过呼吸作用分解糖和乳酸。另外，还会产生具有雌性激素的物质，使羊出现不孕现象，霉菌中的白地霉若大量繁殖，使青饲料产生一种酸败味。但由于青贮时严格的厌氧环境，霉菌一般不能生长，所以青贮时的压紧、夯实，严格控制空气的渗入是保证青贮成功的首要条件。
2．青贮发酵过程 在正常的青贮中，由于微生物的发酵作用，饲料中的单、双糖可以转化为乳酸、醋酸、琥珀酸等有机酸和醇类，同时放出少量的能量，木质素和纤维素仍然保持不变，蛋白质有一部分被分解成氨化物，胡萝卜素和其他维生素仅有少量损失，脂肪保持不变，总养分损失在3％～10％左右。因此，在优良的青贮饲料中，养分损失很少。
青贮饲料在整个发酵过程中，由封存到启用，各种微生物的演替变化是复杂的，一般可以将发酵分三期：
初期——好气性活动阶段：新鲜的青贮原料装入青贮窑后，由于在青贮原料间还有少许空气，各种好气性和兼性厌氧细菌迅速繁殖起来，其中包括腐败菌、酵母菌、霉菌等，由于存在活着的细胞连续呼吸以及各种酶的活动和微生物的发酵作用，使得青贮原料中遗留下少量的氧气很快耗尽，形成了厌氧环境；与此同时，微生物的活动产生了大量的二氧化碳、氢气和一些有机酸，如醋酸、琥珀酸和乳酸，使饲料变成酸性环境，这个环境不利于腐败菌、酪酸菌、霉菌等生长，乳酸菌则大量繁殖占优势。当有机酸积累到0.65％～1.3％，pH下降到5以下时，绝大多数的微生物的活动都被抑制，霉菌也因厌氧而不再活动，这个阶段一般维持2天左右。
如果青贮时，青饲料压的不实，上面盖的不严有渗气、渗水现象，窖内氧气量过多，植物呼吸时间过长，好气性微生物活动旺盛，会使窖温升高，有时会达60℃，因而削弱了乳酸菌与其他细菌微生物的竞争能力，使青贮营养成分遭到破坏，降低了饲料品质，严重的会造成烂窖，导致青贮失败。
中期一乳酸发酵阶段：厌氧条件形成后，乳酸菌迅速繁殖形成优势，并产生大量乳酸，其他细菌不能再生长活动，当pH下降到4.2以下时，乳酸菌的活动也渐渐慢下来，还有少量的酵母菌存活下来，这时的青贮饲料发酵趋于成熟。一般情况下，发酵5～7天时，微生物总数达高峰，其中以乳酸菌为主，正常青贮时，乳酸发酵阶段为2～3周。
末期——青贮饲料保存阶段：当乳酸菌产生的乳酸积累到一定程度时，乳酸菌活动受到抑制，并开始逐渐消亡，其乳酸积累量达1.5％～2.0％，pH为3.8～4.2时，青贮料处于厌氧和酸性环境中，青贮得以长期保存下来。
上述三个阶段是青贮的过程，如果在青贮封窖后2～3周，虽然处于厌氧环境，然而青贮原料中糖分较少，乳酸菌活动受营养所限，产生的乳酸量不足，或者原料中水分太多，或者青贮时窖温偏高，都可能导致酪酸菌发酵，使饲料品质下降，严重时能使青贮失败。因此，青贮的关键技术是尽量缩短第一阶段的时间，以减少由于呼吸作用而产生有害微生物的繁殖。
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