甘薯留种应适时收获，收获过早，影响产量；收获过晚，易受冻害，不利于储藏。所以，一般最好在气温18℃左右时开始收获，在早霜来临前收获完毕。
在选留甘薯品种时，收获甘薯一定要精心挖收，避免外伤。为了多出苗、出壮苗和降低成本，应精选薯块，选薯块重在150-200克的作种比较适宜。所选的块根要无病虫害、无涝害，还要具有本品种的典型特性。收获时，应选晴朗的天气，最好早晨割蔓，上午挖收，下午入窖或入屋储藏。
甘薯储藏要点就是保温防冻及防止病虫侵害，无论是屋内储藏或地窖储藏，薯种入窖入屋前要对地窖屋内储藏具进行严格消毒，消毒药剂用50%多菌灵600倍液或5%安索菌毒清水剂500倍液等喷洒地窖消毒。存放薯块时，每存一层薯块，就用“地瓜保险剂”稀释液均匀喷洒一遍。南方种薯储藏普遍采用屋内储藏为主，储藏间应选择避风、向阳、保温性好的房间，再将种薯放入木桶加盖储藏，或房间四周用木板隔离，避免种薯直接与地板、墙壁接处，做好保温防冻防鼠害工作。
