全蚀病的防治应以农业措施为基础，充分利用生物、化学防治手段达到保护无病区、控制初发病区、治理老病区的目的。
1、保护无病区。无病区严禁从病区调运种子，不用病区麦秸做包装材料外运。从病区调进种子要严格检验。
2、控制初发区。发现零星病株应及时拔除，带出田外烧毁或深埋，病穴内喷50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或撒生石灰进行消毒。发病地块，单收单打，麦粒不作种子，秸秆、麦糠不沤肥。
3、治理老病区。老病区应采取农业措施和化学防治相结合的综合治理措施，压低病情，控制为害。
4、合理轮作。重病区轮作倒茬可控制全蚀病危害，零星病区轮作可延缓病害扩展蔓延。轮作应因地制宜，坚持1～2年与非寄主作物轮作一次，如棉花、花生、烟草、番茄、甜菜、蓖麻、绿肥等。在重病区，小麦抽穗期再用药一次，如用15％三唑醇可湿性粉剂0.3千克对水2000千克，于拔节期灌根，每隔15天一次，共3次，可有效地抑制病害发生、发展。
