1、 土壤有机质含量降低：土壤有机质减少会引发一系列土壤问题，土壤酸化和次生盐碱化，土壤结构破坏，土壤肥力低下，土传病害加剧等。
2、 土壤结构破坏、板结严重：由于土壤缺乏有机肥补充以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加剧了土壤团粒结构的破坏，影响土壤的自然活力和自我调节能力。
3、 土壤酸化：土壤酸化会引起土壤养分流失，土壤有害微生物增加，加速土壤病害发生。
4、 土壤次生盐碱化：由于长期过量使用化学肥料，形成土壤表层次生盐碱化。影响种子发芽出苗，作物生长不良，造成生理干旱，严重可导致盐害，死亡。
5、 土壤氮磷钾元素比例失调：日常管理中大多数农民不按比例施肥，往往只施氮磷肥，致钾素缺乏。
6、 农田土壤污染：过量使用化肥、农药、农膜的残留污染，这会造成土壤生态失衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤活性下降，功能变差，推去农业利用价值。
7、 农作物连作造成的“土壤病”：在土壤中连续种植一种或同科作物，使相应的某些病菌得以连年繁殖而形成病土。
8、 土壤侵蚀：长期的水土流失，导致土壤沙化，保水保肥能力差。
9、 设施农业土壤综合障碍病：设施栽培是在全年封闭或第九节封闭环境下，由于高度集约化，高复种指数、高肥料投入、高农药用量、高强度高频度人为干扰，过量施肥灌水等，土壤健康恶化，出现土壤酸化、有害物积累、土壤功能退化等土壤病害。
