秸秆还田可改良土壤性质，加速生土熟化，提高土壤肥力，好处多多。但是秸秆还田后也会引起一些新问题，如与玉米苗争夺氮素营养、病虫害发生加重等。所以，秸秆还田过程中，要注意避免这些问题的发生。
首先，要注意增施速效氮肥。禾本科作物秸秆含纤维素较高，达 30%至40%，还田后土壤中碳素物质会陡增，一般要增加一倍左右。而微生物的增长是以碳素为能源、以氮素为营养的，微生物必须从土壤中吸取氮素以补不足，也就造成了与作物争氮的现象。若没有增施氮肥，就容易导致土壤中氮素不足，影响育苗苗期生长。因而，秸秆还田时，增施氮肥显得尤为重要，它可以起到加速秸秆腐解、保证作物苗期生长旺盛的双重功效。
其次，要注意翻压覆盖。一般来说，在作物收获后就应立即把秸秆翻耕入土，避免因秸秆被晒干而影响腐熟速度，最好边收边耕埋翻压。然而，小麦收获后一般很少进行土壤翻耕，小麦秸秆暴露在地表，常被风吹走，也影响秸秆的腐解。因此，小麦收获后，要注意进行适当的翻压覆盖，固定秸秆，并促进秸秆快速分解。
最后，要注意防治病虫害。一般条件下，秸秆还田后，病虫害有加重发生的趋势。尤其是蛴螬、蝼蛄等地下害虫，未腐熟的秸秆可供其取食和繁殖。秸秆中的病原菌和虫卵等，也会进入土壤中，加大下一茬作物受危害的几率。所以，在将秸秆施入土壤之前，可用药剂将秸秆进行消毒，以减少病原菌和虫卵的危害。
