林蛙在人工养殖场产卵，在孵化过程中有时出现大量沉水卵。所谓沉水卵是指卵团沉入水底，并粘连在池底砂石泥土之上，卵团表层粘满淤泥。沉水卵团多数不漂浮，少数在孵化后期能漂起来。沉水卵团的表层胚胎能够孵化，但里面的胚胎几乎死亡。因此，沉水卵团的孵化率很低，一般只有35%～40%。
沉水卵是人工养殖林蛙繁殖期的突出问题，对蛙卵孵化有着重要的影响。必须采取措施防止出现沉水卵。试验证明，沉水卵形成的根本原因，是池水泥沙含量高，泥沙粘附卵团使其下沉。粘连池底。人工产卵池及孵化池多是采用流水灌注，尤其是饲养池孵化法，水中泥沙含量较大，容易污染卵团，形成沉水卵。
林蛙卵属于漂浮性卵，卵团漂浮水面才能正常发育。蛙卵在胚胎发育到襄胚期阶段之后，卵胶膜之间出现气泡。卵团的形态也在胚胎发育过程中变化。到原肠胚期，卵团由球形变成半圆形，并且由于卵胜膜之间气泡逐渐增多而使卵团漂浮水面。胚胎发育到尾芽期，卵团变成圆形或椭圆形片状。林蛙卵团变成片状浮于水面，其生物学意义，一方面是表层水温高，卵粒受热冷匀，有利于胚胎发育。另一更主要的方面是随着胚胎发育，胚胎耗氧量增加，根据LG 巴斯等的资料，蛙卵原肠胚晚期胚胎的耗氧量约比原肠胚早期的耗氧量增加3倍。卵团变成片状漂浮于水面，胚胎可以获得充足的氧气供应，有利于蛙卵的正常孵化。沉水卵粘连池底，形状始终保持为球状，半圆形体，不能翻漂浮水面。因而只有卵团表面与水接触，得到氧的供应，表层胚胎才能正常发育。而卵团内部胚胎不能与水接触，溶氧供应不足，而胚胎耗氧量又在增加，因而当胚胎发育到原肠胚、神经胚耗氧量较高的阶段，就会由于供氧不足而死亡。这就是沉水卵孵化率氏的原因。
解决沉水卵团的根本办法，在于改进产卵及孵化技术。前面介绍的产卵和孵化等方法能有效地避免沉水卵团的产生，在养蛙生产上应广为采用。
对已形成的沉水卵团的补救措施，用网捞起受泥沙污染的沉水卵团，用干净流水冲洗粘连在卵团上的泥沙，再放在清洁的池水里。另外，采用人工翻动卵团的办法，也能提高卵团的孵化率。
用木棒插入卵团下面，将卵团翻起来，移动位置，每天翻一二次，一部分沉水卵团能漂浮水面，孵化率可以有所提高。
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