本品种选育是我国地方马种的基本繁育形式。只是在一些饲料条件良好的农区，不时用大、中型马进行杂交，以期提高当地马的品质。但也有不少杂交，仅仅只具有本品种选育冲血的性质。
一、马的本品种选育
就是马种内通过选种选配、晶系繁育、改善培育条件，借以提高优良性状的基因频率，改进品种质量的方法。为防止马种的退化，要根据具体情况，采用不同的选育方法。
(一)血液更新
对多年一直选留本场或本群公马作种用繁殖的马群，就应考虑采用此种方法。即用无亲缘、同品种优秀公马作配种繁殖用。这是改进马群质量，防止亲缘交配退化所必须的。血液更新的同时，要加强饲养管理和锻炼，才能收到良好的效果。
(二)冲血
也称引入杂交。目的是为了纠正马种某些个别严重缺点，或摆脱亲缘交配而不改变原马种类型和特征。需注意冲血的公马品种、类型上和被冲血马种要基本相似，而且具备改进被冲血马种的某一性状品质。
采用冲血手段，是在小型马、中型马分布的地区经常采用的。往往是引人中型马或大型马进行低代(1～2代)杂交，提高其品质，而不改变小型马、中型马耐劳苦、适应性强的特性。
(三)品系(族)繁育
可将有益性状得到巩固和发展，使马种质量得到不断改进，免受近交危害，是保持下一代较强生活力的一种重要方法。
品系繁育是选择遗传稳定，优点突出的公马作系祖，选择具备品系特点的母马，采用同质选配的繁育方法进行的。建系初期要闭锁繁育，亲缘选配以中亲为好，要严格淘汰不符合品系特点的马，经2～4代即可建立品系。建系时要注意多选留一些不同来源的公马，以免后代被迫近交。
品系建立后，长期的同质繁育，会使马的适应性、生活力减弱，这可通过品系间杂配得以改善。
品族是指以一些优秀母马的后代形成的家族。品族繁育是在群中有优秀母马而缺少优秀公马，或公马少、血统窄，不宜建立品系时才采用。
二、马的杂交
这多对分布在大、中型马产区的小型马实施，即用大、中型公马配小型母马。这些地区农副产品丰富，饲养条件相对优越，当地群众有对马选种选配的经验。通代累代杂交，品质提高很快。
杂交，对肉用马也是一个重要的繁育方法。
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