对于大型沼气工程来说，正常运行后，每天产生的副产品沼液沼渣少的几百吨，多的可达几千吨，那么多沼渣沼液如何处理呢？
目前处理沼渣沼液主要有两种思路： 一种是不作处理直接用到农田里，主要采取管道输送和车辆运送2种方式。这种方式最大的优点在于，成本较低，肥效高，但有风险，而且受地势和距离的限制，有死角，处理能力受耕地面积制约，施用不均匀。特别是采取车辆运输方式，由于液体具有不稳定性，加上田间路面不平，容易造成安全事故和液体的泼洒而造成二次污染。其次源于沼渣沼液的原料成分，以及沼渣沼液的pH，有的地方因施用方式不当而发生农作物被烧死的情况。而且直接利用很难拿到肥料登记证，不能正式销售。另一种思路是，固液分离—发酵制肥。将沼渣沼液进行固液分离后，固体部分发酵做成优质的有机肥，液体部分可以灌溉农田，或者经过多级处理进入污水管网，或者再投点资金做成液体肥。
生产有机肥一方面可将沼渣沼液通过处理堂而皇之的进入市场，增加企业的收入，同时扩大受益范围，另一方面间接将大型养殖场因畜禽排泄物的污染降至最低，改善了环境，经济效益、环境效益和社会效益显著。其基本流程如下图：
