根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同，可分为以下几类。
1， 根瘤菌肥料：能在豆科植物根上形成根瘤，可同化空气中的氮气，改善豆科植物氮素营养，有花生、大豆、绿豆等根瘤菌剂。
2， 固氮菌肥料：能在土壤中和许多作物根际固定空气中的氮气，为作物提供氮素营养；又能分泌激素刺激作物生长，有自生固氮菌、联合固氮菌。
3， 磷细菌肥料：能把土壤中难溶性磷转化为作物可以利用的有效磷，改善作物磷素营养，种类有磷细菌、解磷真菌、菌 根菌等。
4， 硅酸盐细菌肥料：能对土壤中云母、长石等含钾铝硅酸盐及磷灰石进行分解，释放出钾、 磷与其他灰分元素，改善植物的营养条件，有硅酸盐细菌、解钾微生物等。
5， 复合菌肥料：含有两种以上有益微生物，它们之间互不拮抗并能提高作物一种或几种营养元素的供应水平，并含有生理活性物质。
