(1)孵化前的准备 种蛋入孵前，要认真检查孵化室的密封、保温、通风条件，孵化室内温度最好恒定在22 25℃。对孵化室、机具等进行全面消毒。开机试温、预热2 3天后即可人孵。
(2)孵化期的管理
孵化温、湿度控制 鸵鸟孵化期为42天，孵化中前期温度恒定在36．8℃，孵化后期30 42天，胚胎自身产生大量的热，需要的温度相对较低，以36℃为宜。孵化要求的湿度较低，孵化器内相对湿度为20％ 40％(不同国家不同地区报道不一致)。合适的相对湿度是根据孵化种蛋失重率来确定的。种蛋在整个孵化期内失重率为14％时，说明孵化器内相对湿度最合适。孵化室内环境相对湿度在40％时，孵化器内基本不用加湿。如果孵化室相对湿度低于40％，就需要加湿。当环境相对湿度高达70％时，孵化器本身无法把孵化器内的湿度降下来，需要采用孵化室内增设空调或对进入孵化器的空气进行抽湿处理。
照蛋：照蛋的目的是观察胚胎发育程度和异常情况，及时剔除无精蛋和死胚蛋。第一次照蛋是在入孵时进行，检查种蛋放入蛋盘时气室是否朝上。第二次照蛋是在入孵的第十二天，此时鸵鸟的喙和喙尖开始形成，腿和翅膀大致分化，尿囊膜扩展到蛋壳膜内表面，胚胎的躯干部增大，照蛋时可见到清晰的血管，能见到头部和躯干部2个小圆团，称为 双珠 。入孵第三十四天进行第三次照蛋，此时蛋内全黑色，看不见血管，蛋的小头被胚胎充满，称为 封门 。
翻蛋：鸵鸟蛋黄含脂肪多，比重较轻，浮在蛋的中间由系带系着，胚胎吸收养分，排除废物。如果长时间处于一种位置，蛋黄不能维系在蛋的中央，容易与蛋壳的内膜粘连。翻蛋的目的在于使胚胎外部空间定位，同时也防止粘连，促进羊膜运动。
鸵鸟蛋孵化期内一般每2小时翻蛋1次，40天转入出雏器后停止翻蛋。目前一般孵化器设计的翻蛋角度为前俯后仰各45度，据研究，如果翻蛋角度增大到50 55度，会促进胚胎发育和血液循环，使孵化率有所提高。
落盘与出雏：鸵鸟胚胎孵化到40天由孵化器移到出雏器为落盘。此时胚胎是从尿囊绒毛膜呼吸转换为肺呼吸的生理变化最剧烈时期。胚胎气体代谢旺盛，如氧气供应不足会导致胚胎死亡。把胚胎转入出雏器后，可以得到较多的新鲜空气，而且散热条件好，有利于胚胎渡过危险期。
如果小鸟的胎位正常，头在趾的上方，小鸟喙破蛋膜进入气室，约12小时就可自行出壳。出壳后断脐非常重要，如果断脐不好，细菌通过脐带进入造成感染。自行出壳的小鸟一般脐带吸收良好，不会出血。可在脐带端涂碘酒消毒，然后用灭菌的纱布包扎。如果小鸟啄破蛋膜进入气室，12小时还未啄破蛋壳，或是胎位不正，41天还未进入气室，就要在气室的顶端打一小孔，以供给小鸟充足的氧气，并逐渐剥掉顶部的蛋壳，让小鸟白行出壳。再过6小时如果仍未出壳，就需助产，从鸟的头部开始往下剥壳，每次剥的壳占蛋纵轴长的1／5。发现内壳膜发白或有红色血管时要停止往下剥，停留2 3小时再往下剥，从鸟的头部剥到背部直到尾部，最后从脐带部拿掉蛋壳。脐带用碘酒消毒包扎。过2天后，脐带再进行一次消毒和包扎。助产是不得以才用，不要急于进行助产，原则上让其自己出壳，助产应尽量往后推迟。
雏鸟出壳后应及时捡出蛋壳，然后让雏鸟在出雏器内待到羽毛全干，且能站立行走时再转入育雏室。人工助产的雏鸟体质弱，要在出雏器内多呆一些时间。有的雏鸟出壳后就发现腿和趾有畸形现象，需要及时矫正。如果是呈外八字形，可用灭菌纱布把两条腿之间留一定距离拴在一起，一般几天后可矫正过来。
雌雄鉴别：15月龄以前的鸵鸟体形和羽毛基本一致，很难从外表上区别雌雄。进行雌雄鉴别有利于分群饲养和营养配给。雏鸵鸟的雌雄鉴别多采用翻肛法，即翻开雏鸵鸟的肛门，看是否有向左弯曲的阴茎。但这种方法只有70％左右的准确性。因此，雏鸵鸟的雌雄鉴别要进行几次，一般在1周龄、2月龄、3月龄分别进行鉴定。
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