兔子的食物消化非常复杂，而且每一种食物的消化过程也不完全一样。举例来说，断奶后的兔子，小肠消化果糖的能力增加，但消化其他糖类的能力则会减少。所以，一只成熟的兔子，可以轻易地消化水果中的糖分(也因此很容易变胖)，但糖果中的糖分却会让同一只兔子生病不舒服。
这是因为无法消化的糖类和淀粉，会堆积在盲肠，如果量很大的话，这些物质会促使制造毒素的细菌生长，而使兔子生病。
成兔在小肠中吸收蛋白质达90%，但还是依蛋白质的来源而定。在大豆中的蛋白质很容易吸收，但是苜蓿中高比例的蛋白质(很大部分存在于植物的细胞壁中)对兔子来说却不能消化。
兔子很难消化细胞膜质(纤维素)。这点对一个以素食维生的动物来说，似乎有所矛盾，但这却是自然法则的一部分。纤维的低消化性，能将大量难以消化的微粒快速排出，让兔子有能力大量进食，维持高度的食物吸收量。
微粒的大小和运送的时间
可消化的纤维，不论是从树皮上撕下，或是混在食物中的，都能消化，但是纤维的大小和种类却可以影响它经过肠胃系统的时间长短。和你所期待的相反，大的微粒并不会在兔子体内阻塞，小的微粒也不一定能比较容易排出，只是时间不同而已。微粒在肠胃系统中运送的时间，曾以数种不同的科学方式做过测量(把测量器放在食物中)。高纤的苜蓿(做成小颗粒状，约三厘米大小)经过消化系统的需要14.1个小时。
同样高纤的食物，如果做成一厘米大小，则需要15.9个小时经过整个消化系统。低纤高淀粉的颗粒状食物，则需要20.1小时。为什么比较小的纤维和高淀粉的食物，所需的时间比较长呢?因为小的微粒和过量的淀粉会被送到盲肠发酵，所以需要更多的时间。流体和小的微粒会在结肠分离，然后回到盲肠(但大的微粒却能轻易地通过结肠)，一项研究曾用五厘米大小的微粒来作测试，结果只经过5个小时便排出体外。而五厘米大小则刚好大约是干草中微粒的大小。
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