蛙卵孵化过程的管理，关系到蛙卵的孵化率。首选应注意加强对孵化池灌水管理，原则上就当尽量减少孵化池水更换速度，让水在池中贮存较长时间，使水温升高，促进蛙的孵化进程。一般的方法，孵化池灌足水之后再进行补充水，另一个注意问题是灌入孵化池的水必有清洁，泥沙含量少，严防灌入泥沙含量大的浑浊水，水质浑浊会形成沉水卵。解决的办法是在孵化池前一个沉淀池，经过沉淀之后的水泥沙含量少，再灌入孵化池会减少污染蛙卵。
在孵化过程的管理上，另一个注意问题是预防低温冷冻。孵化初期，某些高寒山区气候多变，常出现降雨冰冻。漂浮水面的卵团，其表面胚胎易受冰冻而死亡，损失很大。防寒措施是根据天气预报，在出现霜冻之前，用草袋等物覆盖蛙卵以减轻冻害损失。另外，采取加大灌水量，提高孵化池水位，将卵团沉入水中，防止受冻，更有效的方法是专人夜间看守，每隔20～30分钟用捞网等物将卵团压入水中并搅破冰层。用这种方法能有效地防止冰冻，防止卵团遭受冻害。
在孵化过程中，为保证蛙卵孵化有充足的氧气，在有条件的情况下，可在池面装置喷水龙头，这样可多注入氧气供孵化之需，喷水不可过急，此外，在干旱缺雨、气温高的天气里，空气干燥，漂浮水面的卵团表面的胶膜水分蒸发，胶膜变硬变脆，胚胎会因干燥而死亡。为避免胚胎干燥死亡，可用木板、捞网等工具将漂浮的卵团轻轻压入水中，使卵团表面浸水湿润。
在孵化过程中，经常检查孵化质量。首选要经常查水温情况，以保证蛙卵的正常孵化，其次要检查蛙卵有无污染。如果卵膜晶莹透明，说明蛙卵没有污染。如果卵团变成土黄色，卵胶膜粘一层泥沙，说明水质不清洁，蛙卵已经被污染，要改进灌水技术，排除污染的水，灌入新鲜干净的水。第三要有无沉水卵，尤其利用水池孵化更要特别检查沉水卵，如发现时卵沉入池底，并粘连泥沙，呈土黄色，这证明出现沉水卵，发现沉水卵，要按后面介绍的方法进行处理。第四检查卵团是否在放入孵化池3天之后已经漂浮水面。如果卵团已漂浮水面，卵胶膜之间出现大量气泡，卵团由下球形变成片状。这证明卵团没有被泥沙污染，孵化状况良好。第五要经常检查蛙卵孵化情况，检查蛙卵孵化速度是否整齐一致，在正常情况下，同一团蛙卵发育速度基本一致，相差不多。另外，检查胚胎死亡情况，如果发现有较多的蛙卵停止发育，如同一团卵有的已经发育到尾芽期，有的则停留在神经胚阶段，说明停止发育的卵已经死亡。蛙卵发育过程中死亡，多是由于低温冷害所致，以现蛙卵死亡现象，要及时采取增温措施，保证蛙卵的正常孵化。
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