1、换料过程。为满足沼气菌的新陈代谢和农田季节用肥的需要，一般大换料的时间安排在春季和秋季进行。在大换料前20—30天停止进料，以免浪费发酵原料。换料前，备足堆沤好的新原料，等料液出到一定量时（沼气池内要保留20%—30%含有沼气菌的活性料液作为接种物），把堆沤好的新原料投入，使沼气池能很快重新产气和使用。
2、出料避免池内负压。在出料时，应打开集水瓶处的开关通气，防止池内出现真空。一旦出现真空，会导致压力表内水柱倒流入输气管内，而且还会造成池内粉刷层脱落，密封性变差，甚至导致沼气泄漏，造成很难挽回的损失。因此，从出料间往外抽渣或取沼液时，一定要看好压力表，气压下降至1千帕时就应停止抽取。如果确实须继续抽取，就要从导气管或集水瓶处拔掉输气管，让空气进入沼气池；但原则上应先出料，后进料，做到出多少料就进多少料，使沼气池内液面保持平衡，可以避免池内出现真空。同时，要定期小出料，以保持池内一定数量的料液量；注意在使用沼气时，不要进出料，尤其不能快速进出料，避免因沼气池内出现负压引起回火爆炸。
3、迅速进料。出料后，应迅速对沼气池进行检修，在检修完后立即投料、装水。因为沼气池都是建在地下，沼气池在装料时，其内外压力相平衡，出料后，料液对池壁压力为零，失去平衡。此时，地下水的压力容易损坏池壁和池底，形成废池，尤其是在雨季和地下水位高的地方，出料后更应立即投料装水，确保沼气池的使用安全。
