酸碱度直接影响沼气发酵。沼气发酵细菌最适宜的pH为6.5-7.5，6.4以下7.6以上都对产气有抑制作用，pH在5.5以下，产甲烷菌的活动则完全受到抑制。如果在沼气池启动时投料浓度过高，接种物中的甲烷菌数量又不足时，以及在沼气池运行阶段突然升高负荷，都会因产酸与产甲烷的速度失调而引起挥发酸的积累，导致pH值下降，这样就很容易造成沼气池启动失败或运行失常。
当沼气池在启动运行过程中，一旦出现酸化现象应：一是立即停止进料，可加入澄清的石灰水或草木灰中和；二是可靠停止进料，通过产酸作用下降，产甲烷作用相对增强，使积累于发酵液内的有机酸逐渐分解，pH值恢复到正常值。
