沼气肥养分全、肥效高，不仅供作物生长发育需要的N、P、K、Ca、Mg、S及微量元素，还有丰富的有机质和腐殖酸类物质。既能促进微生物的活动，改良土壤，提高土壤肥力，又能改善土壤水、肥、气、热状况和耕作性能，提高地力。沼气池的肥料分上、中、下三层，应科学施用，以促进增产增效。
一、上层含有大量溶性养分，是含氮量浓度很高的液体肥料，易被作物吸收和利用。可供小麦、玉米、棉花、蔬菜等作物早期追肥，尤其是蔬菜早期追肥，施肥前应在沼气池的副池内多存6-7天，降低还原性；或者加水稀释，防止苗子泛黄和烧苗现象出现及氨挥发损失。
二、中层是糊状肥，养分含量高，有较丰富的速效氮素、磷素、有机质和腐殖质，肥力较强。适合粮食作物、经济作物、果树和蔬菜等中期追肥，能持续快速供给植物生长发育所需要的多种养分，具有促枝叶、壮茎秆、攻籽粒的作用。每亩追肥量1500-2500千克，深度10-15厘米，施后覆土镇压。
三、下层沼渣肥，含有氮素、有机质、腐殖酸类物质和矿化的速效磷素、钾素及微量元素。可供粮食作物、经济作物、果树、蔬菜、花卉、瓜类等作底肥。不论旱田或水田，将沼渣肥均匀撒在地表，随犁耕翻入耕作层，经耙耧，使沼肥与土壤充分混合。每亩用量0.2-0.5千克，既能壮茎秆(棵)，攻籽粒，又能培肥地力，蓄水保墒。但应注意沼渣肥使用前，从沼气池中起出应堆沤15天。
