为提高秸秆还田效果，避避免可能产生的有害作用，在使用技术上必须注意几个问题。
1 影响秸秆腐解的因素。
水分：土壤水分过多或过少都对微生物活动产生不利影响。一般认为土壤含水量在田间持水量的60%~70%最适于秸秆腐解。
温度：温度的高低不仅影响微生物群体的组成、活性，也影响土壤酶的活性。土壤温度过低，微生物活性减弱，腐解缓慢；温度过高会抑制土壤微生物活动，甚至使土壤中酶失去活性。温度对秸秆分解前期的影响比水分更为明显。
其它因素：碳氮比对腐解有一定影响，调节C/N只影响初期分解，C/N比越低秸秆初期分解越快。土壤pH值在5~8范围内，秸秆腐解速度基本一致，过酸或过碱都会抑制微生物活动，使腐解缓慢。土壤的通透性越差其秸秆腐解越慢。
2 秸秆还田必须配合施用有机肥料 秸秆含氮量少于1.2时无机氮就会被固定在有机化合物中。秸秆作为一种含碳丰富的能源物质，直接施入土壤会刺激微生物迅速繁殖，导致土壤中有效氮大量被暂时固定。
玉米秸秆的C/N为53∶1，C/N大于25~30，其氮素不足，在这种情况下还田的秸秆分解缓慢，微生物与作物争夺土壤中原有的有效氮，造成氮素缺乏，不利于作物生长发育甚至造成减产。为此，在生产中必须配施一定量的氮肥。
一般认为，微生物每分解100克秸秆约需要0.8克氮，即每1 000克秸秆至少加入8千克单氮才能保证分解速率不受氮的影响。在实施秸秆还田的前1~2年必须配合施入氮肥。
3 翻埋的时间和数量 秸秆还田应该在秋收后立即进行，这时期玉米秸秆含水量较高，气温也较高及时翻耕深埋有利于迅速腐解，有利于来年保墒保苗。 秸秆还田的数量可根据土壤状况而定。在较瘠薄的土壤上，施肥量不足的情况下，秸秆还田数量不宜多，一般为3 000~4 500千克/公顷为宜；在较肥沃的土壤上，施肥充足的条件下，还田数量可为6 000~7 500千克/公顷.还田后要及时耕翻，使秸秆残体分散均匀与土壤充分混合。要求耕翻18~20厘米，耙平并加重镇压，避免出现架空现象，以利迅速腐解。
4 保证秸秆粉碎质量 生产实践证明，还田的秸秆粉碎的越细越好。一般以切成5~8厘米长的小段为宜，否则不易覆盖，更不利于腐烂。
