在沼气发酵过程中，由于沼气池每天都有新鲜人、畜粪便入池发酵，在取用沼渣时，由于部分粪便入池时间短，在沼渣中沉积的许多寄生虫卵仍具有活力，可以致病，因此，沼渣在使用前必须作无害化处理。对沼渣的无害化处理，一般可采取好氧堆肥法和在沼渣中加入适量的化肥进行密封贮存，均可取得较好的卫生效果。
好氧堆肥法就是把沼渣与稻草、猪粪等分层堆制密封，当堆内温度达60oc左右时，保持一个星期后，蛔虫卵杀死率为98-100％，大肠杆菌菌值上升，完全达到了粪便无害化处理标准要求。
在沼渣中加化肥法就是将沼渣堆密封后，向堆内灌冲15％的氨水或在沼渣中加入尿素达1.5％尝试，拌合后密封发酵，分别经过20天和2-3天时间以后，也可获得与好氧堆肥法一样的卫生效果。
