1、随出随施，不宜久存。即从沼气池里取出来，直接挑到田里或土里，如果忙不过来，也只能在池外堆一两天，时间久了，速效氮会挥发掉。实验表明，沼气渣肥在露天堆放晒干，全氮损失65%左右，氨态氮损失87%。
2、沼气渣肥宜作基肥深施。施于水田，最好是耕田时施用，使泥、肥结合，每亩施用量2000公斤左右；施于旱土，最好集中施用，如穴施、沟施，然后覆盖一层100毫米左右厚的土，以减少速效养分的挥发。
3、沼气水肥宜作追肥施用。施用时，应根据沼气肥料的质量和作物生长情况，掺水冲稀，以免伤害作物的幼根、嫩叶。
4、沼气肥与化肥配合施用。氨水和碳酸氢铵是生产成本较低的氮素肥料，呈碱性，肥分易挥发损失。沼液与氨水、碳酸氢铵配合施用，能帮助化肥在土壤中溶解，吸附和刺激作物吸收养分，并提高化肥利用率。可在每50公斤沼液肥中加入0.5-1公斤碳酸氢铵或氨水施用。
沼气渣肥与过磷酸钙混合施用，也能提高过磷酸钙的肥效。
