沼气发酵微生物是在一定的温度范围内代谢活动，可以在8-65℃产生沼气。在8-65℃范围内，温度越高，产气速度越快，但不是线性关系。当沼气池发酵温度低于8℃时，沼气发酵微生物完全停止活动。新疆地处北方,冬季寒冷，沼气池必须建在日光温室内或暖圈内，以保证沼气池正常发酵产气、安全越冬。目前，全区已进入冬季，农村户用沼气已进入越冬管理阶段。越冬管理可采取以下措施。
1、入冬前对沼气池进行小出料，同时加入一定量的新鲜纯粪便，发酵料液的浓度要高于夏季，以12%左右为宜。有条件尽量在入冬前大进料一次，进料量一般为总池容量的2/3。
2、将半干粪便或秸秆堆在沼气池上，并覆盖农膜，促进粪便或秸秆自身发热保温，春季气温回升后去掉农膜。
3、直接覆盖几层农膜，遇雨雪或晚间时加盖草（棉）被，农膜覆盖面积要大于沼气池周边2米以上。
4、冬季不能让冰凉的原料直接进入沼气池内。原料在进池前，先用农膜将其覆盖，连续日晒几天或用热水将其拌后再入池。
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