沼气肥是一种缓速兼优的好肥料，但施用沼气肥有以下五条禁忌：
1、忌出池后立即施用 沼气肥的还原性强，出池后立即施用，会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、凋萎。因此，沼气肥出池后，一般先在储粪池中存放5—7天后施用；沼渣与磷肥按10:1的比例混合堆沤5—7天后施用，效果更佳。
2、忌不兑水直接追施 沼气肥不兑水直接施在作物上，尤其是用来追施幼苗，会使作物出现灼热现象。沼气肥作追肥时，要先兑水，一般兑水量为沼液的一半。
3、忌表土撒施 沼气肥施于旱地作物宜采用穴施、沟施，然后盖土。施用于水田应在耖坯前均匀撒施田面，然后犁翻入底层。
4、忌过量施用 施用沼气肥的量不能太多，一般要比施用普通猪粪肥少。若盲目大量施用，会导致作物徒长，行间荫蔽，造成减产。
5、忌与草木灰、石灰等碱性肥料混施 草木灰、石灰等碱性较强，与沼气肥混合，会造成氮肥的损失，降低肥效。
