2、促进土壤微生物繁育：有机肥料含有大量的有机质，是各种微生物生长繁育的地方。据黄景春研究深耕配合施用有机肥，土壤固氮菌比对照增加近一倍，纤维分解菌增加近2倍，其它微生物群落也有明显增加，所以施有机肥能大大促进新开垦土地的熟化进程。另外，有机肥在腐解过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素等物质，能促进作物根系生长和对养分的吸收。试验证明，菜籽饼在茶园中之所以特别有效，不只是菜饼肥营养丰富，更重要的是菜籽饼在腐解过程中产生一种能激发根系生长的物质，促进茶根生长和吸收营养。其它有机肥也有类似的作用。
3、提高土壤保肥保水能力：所有的有机肥料都有较强的阳离子代换能力，可以吸收更多的钾、铵、镁、锌等营养元素，防止淋失，提高土壤保肥能力，尤其是腐熟的有机肥保肥能力更明显。此外，有机肥还具有很强的缓冲能力，可防止因长期施用化肥而引起酸度变化和土壤板结，可提高土壤自身的抗逆性，保证土壤良好的生态环境。
4、减少养分固定，提高养分有效性：有机肥含有许多有机酸、腐殖酸、羟基等物质，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素如锰、铝、铁等螯合形成螯合物，可减少锰离子对作物的危害。又可防止铝与磷结合成很难被作物吸收的闭蓄态磷而无效化，大大提高土壤有效态磷的有效性。
5、加速土壤团聚体的形成，改善土壤理化性质：有机—无机团聚体是土壤肥沃的重要指标，它含量越多，土壤物理性质越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越强，通气性能越好，越有利于作物根系生长。
