土壤盐化和酸化 长期过量施肥，不管是化肥还是有机肥都会造成盐分在土壤表层累积，发生次生盐渍化。当土壤盐分含量高于0.3%时就会抑制作物，特别是幼苗根系对养分的吸收利用。土壤酸化主要是大量偏施氮肥造成的，它对作物根系和土壤微生物都有不利影响。
土壤生物多样性被破坏 为追求高效益而长期连作，使土壤微生物区系失衡，引发根结线虫、枯萎病、疫病等土传病害。这在“黄瓜村”、“大蒜乡”等单一种植的地区更为常见、更为严重。
土壤中自毒物质累积 自毒是指在长期连作条件下，作物根系分泌、分解和淋溶的化学物质对自身、同种或近缘植物产生的抑制作用。它是一种化感作用，大豆、番茄、茄子、西瓜、甜瓜和黄瓜等连作时都容易产生自毒作用。
对于这些问题，应采取综合管理措施，进行大棚土壤退化的修复。
治理土壤盐渍化和酸化 通过控制施肥量、施肥期及有机肥与无机肥的相互配合，氮磷钾肥平衡施用，合理施用有机肥和化肥；通过适当增施有机肥、秸秆还田和深耕 压盐等措施改善土壤质地，增加通透性，降低土壤盐渍化；通过不同种类蔬菜轮作，菜粮轮作和在两季蔬菜休闲季节种植生长期较短的甜玉米、苏丹草、毛叶苕子、 苋菜等填闲作物，都有利于改良土壤不良性状。
水肥一体化管理 蔬菜根系大多浅而稀疏，茄果、瓜果等又多次采收，水肥要适量多次，实行一体化，进行综合管理。这样做不仅可以提高肥、水利用效率，还能消除 或降低因大水大肥而带来的土壤退化和环境污染问题。建议对大棚茄果、瓜果类蔬菜，在肥水同步、少量多次进行的情况下，基肥亩施有机肥4000~7000公 斤，每次追施尿素9~11公斤，硫酸钾10~12公斤；若采用微灌施肥技术，肥水施用量还可进一步减少，一般基肥亩施有机肥300~400公斤，每次追施 尿素7~8公斤，硫酸钾施用量较尿素可再多一些。
秸秆生物反应堆和秸秆还田秸秆 生物反应堆技术就是在定植行下或大棚周边开沟，放入秸秆和发酵复合菌剂，像高温堆肥那样调配好物料C/N比、水分和通气状 况，覆膜并打孔，在田间条件下进行秸秆发酵。腐熟秸秆可以改土并作为肥料；释放的二氧化碳是早春温室迫切需要的碳源肥料；发酵热量可提高地温3℃~5℃。 此项技术已在山东和我国北方温室推广应用。
石灰氮-秸秆消毒 石灰氮肥是一种含有钙素，具有杀虫灭菌作用的迟效性氮肥。可在大棚换茬休闲季节，将每亩60公斤石灰氮与600公斤秸秆混施入土壤，适当 灌水后起垄覆膜，进行闷棚。这样做能在施用氮肥的同时，消除或减轻蔬菜因缺钙、缺镁而产生的生理病害；肥料本身和产生的热量，还可以增加土温和杀灭线虫， 提高闷棚效果。
施用生物有机肥和调节剂 除上述治理措施外，还可以利用富含拮抗微生物的功能有机肥及有趋避作用的作物残渣（如烟草秸秆等），在定植幼苗时围根穴施，为蔬菜 建造一个根区保护带。实践证明，这样做能有效地防治线虫和病害，恢复根区土壤微生物活性，提高根系对土壤水肥的吸收利用能力，用户可以根据自身条件酌情采用。
