化肥中常含有许多有害物质，如重金属、氟、有毒有机化合物等，常年重复、过量使用会污染土壤。长期大量使用单一品种化肥，特别是生理酸性肥料，会导致土壤酸化，土壤酸化后会导致有毒物质的释放，或使有毒物质毒性增强，对蔬菜产生不良影响。
2、有机肥料不进行无害化处理
将未经无害化处理的人畜粪便、城市生活垃圾及携带有病原菌的植物残体制成的有机肥料施入土壤，某些病原菌会在土壤中大量繁殖，造成土壤的生物污染，尤其是在大棚高温、高湿的小气候环境中，更适宜病原菌生长。
3、农药残留
随着拌种、浸种、喷洒和药物浇灌，农药进入土壤会被土壤胶粒及有机物吸附，一部分被土壤降解，由蔬菜吸收转化，还有一部分形成残留。尤其是在菜农使用不当和过量使用的情况下，造成的污染更加严重。
4、污水灌溉
使用不经无害化处理的污水或处理不彻底的污水灌溉蔬菜，会对土壤造成二次污染。导致土壤通气性、透水性差，容易引起蔬菜根系霉变、腐烂甚至坏死，不利于蔬菜的生长。
5、地膜残留
实践表明：地膜越薄，强度和抗拉能力越差，且易老化，破碎后难以捡拾，更易形成残留。超薄地膜的使用更是给土壤健康带来了严重危害。
