无公害农产品开发是一项系统工程，在巩固和发展这一专业技术中必须遵循以下基本原则。
1、统一完善的系统管理原则
无公害农产品开发是从生产到市场的全过程控制与管理，涉及无公害农产品的每个环节都应纳入控制与管理之中，要建章立制，有章可循，做到生产有规程、产品有标志、认证有程序、市场有监理、过程有记录，确保无公害农产品的质量控制在严格管理之中，使无公害农产品的质量要求和良好的产品信誉有可靠的保证。
2、严谨规范的生产技术原则
无公害农产品的环境品质独特性是由其生产技术独特性所决定的，只有严谨规范的生产技术，才能生产出符合特定标准的无公害农产品。无公害农产品是丰富多样的，具体到每种产品都应有与之相对应的产地、产品环境标准和生产全过程的操作规程配套。对无公害农产品生产影响甚大的外部环境，如产地有无工业三废污染源和生产内部环境，如土壤重金属背景值过高，农药、化肥、除草剂等农业物资的环境负效在产品中的富积与残留，都必须按标准和规程要求予以科学严谨的把握，不能混同于一般的产品生产要求。
3、循序渐进的产品开发原则
农产品丰富多样，无公害农产品开发领域非常广泛，但并不是什么农产品都要开发成无公害农产品，也不是什么农产品都同时开发成无公害农产品，这要按市场规律循序渐进，不能一概而论。市场消费能力、消费观念、消费特点都有阶段性，有不同档次和层次的要求，现阶段消费市场对无公害农产品正处于培育扩大过程，在生产中必须相适应地发展。由于技术进步的渐进性，有些农产品生产的无公害技术还受现实技术水平限制，难以达到无公害的质量标准，故此也决定了无公害农产品的渐进性。
