一、选择合适的季节。应在夏秋季节温度较高时进行，在春季不宜过早，特别是不宜在冬季进行。环境温度低，沼气池很难重新启动。
二、提前停止进料。大出料前7～10天停止进料，准备好新料。
三、选择安全的出料方式。应首选使用沼液沼渣抽排车等装备，其次使用污水泵出料设备，最后考虑人力出料，尽量提高安全系数。不需维修池体的沼气池不要出尽所有料液，应保留10%以上的料液作为沼气池重新启动的接种物。
四、保护输配系统。大出料时一定要关闭调控净化器上的调控开关（防止进入空气后脱硫剂在净化器中再生，烧坏设备），并在此时更换和再生脱硫剂。
五、保持池内外压力平衡。揭开活动盖前，沼气一定要用完，查看净化器压力表指针是否在零位上。同时拔掉导气管处连接，消除出料时池内产生的负压。
六、防火灾。出料时不要在沼气池10米范围内点火吸烟，禁止使用明火。
七、防中毒。下池清渣或维修时一定要做好安全防护措施。一是打开活动盖，使进料口、出料口、活动盖口三口通风一昼夜以上，更新池内空气，或用150瓦以上的鼓风机从出料口向池内送风2小时以上。二是把小动物吊入池内，观察15～30分钟。如动物活动正常，方可下池。三是下池人员腋下需系上绳子，绳子的另一端由其他人掌控看护。下池人员稍感不适，看护人员应立即将其拉出池外，并送到通风的阴凉处休息。
八、及时进料。无论是新建沼气池，还是使用多年的旧池，大换料后都要及时进料，不能空池久置，否则易损坏池体。其原因是：一是地下水位高时，可能冲破池底；二是夏季曝晒会造成龟裂；三是冬季冰冻也会破坏池体；四是人为损伤池体等。
