大鳄龟与小鳄龟的区别主要表现在五个方面：
一、 头部，大鳄的头比较尖，小鳄龟的头比较圆。大鳄龟上颌似鹰嘴状，钩大，小鳄龟上颌似钩状，但钩小。大鳄龟能扭头突然袭击其它动物，小鳄龟能连同身体扭头转向寻找攻击目标，甚至追咬。
二、嘴部，大鳄龟的嘴部比小鳄龟的要长，舌头为红色的结构，口腔底部有一蠕虫样的附器，常静伏水中，张着嘴，借附器诱食附近鱼类，小鳄龟则没有这些特征。
三、背甲，大鳄龟的背甲甲峰很明显，而小鳄龟的甲峰则不明显，近乎平背，背甲看起来比较圆。大鳄龟的背甲上有3条凸起的纵走棱脊，褐色，每块盾片均有突起物，腹甲棕色，具上缘盾，小鳄龟的背甲棕黄色或黑褐色，有3条纵行棱脊，肋盾略隆起，随着时间推移棱脊逐渐磨耗。
四、腹部，大鳄龟的腹部有无数触须，小鳄龟的的腹部仅有少量触须，腹甲灰白色，无上缘盾。
五、尾部，大鳄龟的尾较长，小鳄龟的尾较短，尾的背面有一锯齿形脊，又称尾棘。
