獭兔选种的目的，是要把优质高产、适应性强、繁殖性能高、遗传性稳定、生长发育快、体质健壮和抗病力强、皮毛质量优良、毛色纯正、外貌特征明显的成年公、母兔选作种选繁殖。相反，进行淘汰。选种较为常用的方法，有个体选择和家系选择等几种。
一、个休选择
根据个体表型值进行选种。即选择生长发育快，体型大，部位均称，被毛品质好这些性状。使用个体选择将性状特征明显的留作种用，以便把这些特性遗传给后代。对被毛品质的选择，应选、留毛色纯正、毛细、毛密、毛短、毛平齐、针毛少的优良个体作种用，能较有效地把优良性状遗传给后代。总之，獭兔选种要向体型大、毛色纯正和毛质细、密、丰厚、平齐方面发展。
二、家系选择
以一个家系为单位，选出家系均值较高的留作种用。家系是指同父同母的全同胞家系和同父异母或同母异父的半同胞家系。全同胞家系选择，如有五窝后代都是同父同母，它们间的关系是全同胞关系。五窝都来自不同父母，即称作五个家系。若想从五个家系中选出产仔数量最高的留种，就要挑选出那个平均产仔最高的家系，将其留种。半同胞家系选择也是这个道理，不同的是半同胞家系数量大，选择余地大，更有利于严格选种。
獭兔的家系选择，对产仔数、仔兔成活率、泌乳力等繁殖性状选择效果好。獭兔的全同胞或半同胞后代数量多，如家系太少，容易造成近亲。若近亲程度很深，为了缓解可不使用家系而使用个体选择。
三、后裔选择
根据后裔成绩来进行选种，叫后裔鉴定，选种的准确性最高。但后裔成绩的表现需一年多时间，其选种和遗传进展延长了世代间隔，很少使用此种方法。
四、系谱选择
即是对獭兔祖先的生产成绩鉴定，如果其祖先各方面表现突出，可作为选种的依据，判断其后代也会好。这种方法实际上也是与家系选择相似。而系谱鉴定，多用于对其本身在尚无生产成绩，又无旁系材料时，依照系谱鉴定作为选留根据。系谱鉴定多用于幼兔做早期的选留与淘汰。系谱鉴定在选种上的准确性不如其它方法。如果有旁系和后裔材料，系谱鉴可作为参考。
近年来，很多专业报刊对獭兔的选种方法，仅强调个休选择。即从个体的体型、毛色、毛型、外貌、体尺等方面选择，而忽视家系选择、后裔选择、系谱选择，使选种技术表面化，使选种的科学不够深化，应当随着獭兔商品生产发展得到提高。有远见的獭兔饲养场和獭兔商品开发企业把选种工作经常化，并把上述多种选种方法综合运用，长期坚持，种群达到优化了，商品毛皮质量就从根本上奠定了基础。
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