自然配种是一种比较原始的配种方式，将公母兔成群饲养，自由配种，这样可以保证及时配种，但是又有很多的弊端，所以不赞成这种自然配种法。
第一：公兔整日追逐母，体力消耗过大，配种次数过多，精液质量低劣，受胎率和产仔率低，公兔易衰老，配种头数少，利用年限短，不能发挥优良的作用。
第二：无法进行选种选配，极易造成近亲繁殖，品种退化，所产的体质不佳，兔群品质下降。
第四：未达到配种年龄，身体尚未发育成熟的幼兔，过早配种妊娠，不但影响自身的生长发育，而且胎儿发育不良。若老年公、母兔交配，所生仔兔体质弱，差，还容易造成胚胎死亡或早期流产，即使能正常分娩，所生仔兔的成活率也较低。
第五：容易传播。自然配种的公、母兔容易相互传播疾病，因而家兔自然配种法应尽量少用，甚至弃而不用。
