蛇类的呼吸系统是由鼻腔、喉头、气管和肺4个部分组成的，主要功能是完成气体交换。
蛇类的鼻腔包括内鼻孔、鼻腔和外鼻孔3部分。外鼻孔位于吻的两侧(水生种类的蛇则偏向背面，有利于露出水面呼吸)；内鼻孔位于口腔前背壁面。在进行呼吸时，外界空气由外鼻孔进入鼻腔，再经内鼻孔与喉相通。
蛇类的喉头开口位于口腔底部的前方、蛇鞘的后方，由3块软骨组成。喉口为纵裂状，是气管的开口。蛇类吞取食物时，喉头常逸出口外，不致影响呼吸。蛇类的喉头没有声带，因此不会发声。但有的蛇，如眼镜蛇和眼镜王蛇，虽没有声带，在发怒时仍能发出 呼呼 的恐吓声，以威胁对方。这是由于躯干肌肉的紧张性在特定情况下骤然增强，能够把肺内贮存的空气快速压出，再经过肺部及气管，最后由较狭小的喉口吹出，当气流经过气管时，产生振动而形成声音，此声音源于口腔的共鸣。
蛇类的气管较长，约为食管的一半，是由许多不完伞的软骨环构成的，软骨环的形状类似字母 c 。软骨环之间，靠膜性结缔组织相连接，背侧的缺损由结缔组织所填充，其后端与肺相通。自肺的前端开始，气管在背面的软骨环缺损处，有一条长沟与肺直接相通。气管沿着肺中线向后延伸，直到肺的前2／3处分叉，形成左右两只气管。其支气管极短，仅由几个软骨环组成，长度约1厘米。气管与支气管共为蛇类的呼吸通道。
蛇类的肺部一般呈长囊状，左右两肺差异颇大。绝大多数蛇类的左肺大大缩小，共至完伞消失，惟有蟒蛇和闪鳞蛇有一个机能性左肺，即使如此，其左肺也明显比右肺小。蛇类为弥补这一原始缺陷，一部分靠右肺向后延长，一部分靠气管形成的一个附加的呼吸面，即所谓的气管肺，来增强呼吸能力，完，牟=正常呼吸。
蛇类的右肺比较发达，前端起于咽喉部，后端止于近胆囊处，长度约为体长的1／10。其右肺分为前、后两部分。前部占伞肺长的2／5左右，其内壁有许多呈蜂窝状的肺泡，在肺泡上分布着无数微血管，为气体交换的主要部位。其后部肺内壁光滑，无蜂窝状结缔组织，呈薄囊状，是贮存空气的场所。蛇类无胸骨，借助于肋骨运动，导致胸膜腔的扩大或缩小，从而吸进新鲜空气，排出肺脏的二氧化碳，进行气体交换，最终保持呼吸畅通。但肺的通气还受环境因素的影响，这要引起养蛇者的注意。
大多数蛇类是陆生蛇，多进行肺呼吸。但也有水生的，虽然蛇类的肺是气体交换的主要器官，但其皮肤也具有一定的气体交换功能。例如，海蛇中的长吻海蛇至少潜水至20米深度，它就是通过皮肤排出二氧化碳，来进行气体交换，保证正常呼吸的。
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