第二母源抗体水平不一致所孵出的雏鸡对疫苗接种的反应也就不同，特别是当种鸡在幼龄时患过法氏囊病，开产前接种灭活苗后所产生的抗体滴度就低。若接种时机不当(过早或过迟)，母源抗体水平高或现场法氏囊病病毒的侵袭均影响免疫的效果。
第三变异毒株(血清亚型)或超强毒株的存在使目前的商品疫苗对变异株不能提供足够的保护，其保护率仅达10％～70％。超强毒株的毒力是标准病毒株的两倍以上，使鸡的发病率和死亡率明显上升，年龄较大的鸡甚至18周龄以上的后备母鸡也能致病。抗原变异毒力增强可能是引起免疫失败的重要原因之一。
第四在其它应激因素如鸡新城疫Ⅰ系苗和喉气管炎疫苗的接种、天气变冷、迁栏、饲养密度过大等，或者在免疫抑制因素如马立克氏病病毒、鸡贫血因子、黄曲霉毒素等的影响下，常使法氏囊疫苗接种得不到应有的效果。
