一、使用时间
微生态制剂在动物的整个生长过程都可以使用，但不同的生长时期其作用效果不尽相同。一般在动物幼体，此时体内微生态平衡尚未完全建立，抵抗疾病的能力较弱，此时引入益生菌，可较快地进入体内，占据附着点，效果最佳。如新生反刍动物肠道内有益微生物种群数量的增加不仅可以促进宿主动物对纤维素的消化，而且有助于防止病原微生物侵害肠道。和其他刚出生的哺乳动物一样，新生反刍动物的胃肠道尚未完全发育，但细菌在肠道内的定植相当迅速，出生24h出现乳酸杆菌和链球菌，l周龄时，整个肠道内乳酸杆菌数量达107～109个/g。另外在断奶、运输、饲料转变、天气突变和饲养环境恶劣等应激条件下，动物体内微生态平衡遭到破坏，使用微生态制剂对形成优势种群极为有利，因此，把握益生菌的应用时机，尽早并长期饲喂，使其益生作用得到充分体现。
二、使用剂量
微生态制剂的益生作用是通过有益微生物在动物体内一系列生理活动来实现的，其最终效果同施加的益生菌的数量密切相关，数量不够，在体内不能形成菌群优势，难以起到益生作用。
根据试验，如果一种细菌在盲肠内容物的浓度低于107个/g，该菌产生的酶及代谢产物不足以影响宿主；数量过多，超出占据肠内附着点和形成优势菌群所需的菌量，非但功效不会增加，反而造成不必要的浪费。微生态制剂用于特定养殖动物所需的菌群数量尚无统一的规定，德国学者认为，仔猪饲料中加入微生态制剂其含菌量应达到(0.2～0. 5)×107个/g饲料，育肥猪饲料中加入每克含106个芽胞杆菌，粪中大肠杆菌减少35%，每天0.5～0.6g方可起到治疗效果，而乳酸杆菌因制剂不同而有差异，其数量不少于107个/g，每日施加 0.1～3g，一般添加量为 0.02%～0.2%。
