一是疫苗接种的时间不适宜。有些养鸡户对购进来的雏鸡是否有母源抗体知之甚少，有的农户对炕房孵化用的种蛋及其种鸡在产蛋前是否用法氏囊灭活疫苗接种过不了解，所以对自己购买的雏鸡母源抗体不清楚。这样，农户难以确定接种疫苗的准确时间，有相当部分养鸡户对何时进行疫苗接种带有盲目性，其免疫效果也就可想而知了。
如果接种的时间过早，则会中和雏鸡体内母源抗体，被中和的这些鸡疫苗就起不到免疫作用反而还会发病；若疫苗接种的时间过晚，因雏鸡体内母源抗体低，则可能在预防接种前已被病毒感染而发病。
二是疫苗使用方法不正确。常用的法氏囊灭活疫苗使用方法一般有两种：一种是混在水里通过饮水进行接种；另一种是通过滴服进行免疫接种。有些养鸡户图省事，把本应滴服接种的疫苗改为饮水接种，因使用方法不当导致免疫失败；有的养鸡户虽然利用饮水接种疫苗的方法正确，但因使用的自来水带有消毒药，或者使用金属类饮水器，或者停水时间不当，或者疫苗饮水时间过长(超过2小时以上)等，造成疫苗效价降低，从而影响了免疫效果。
三是其他原因。由于环境污染，消毒不严，饲养管理制度执行不严格等，造成本病的发生与传播。另外，密度过大，通风不好，饲料霉变，营养标准降低，维生素及微量元素不全等也可诱发法氏囊病。
另外，如果使用的法氏囊灭活疫苗毒株和当地抗原不一致，虽然进行了正确的预防接种也不能达到免疫的目的，鸡仍然可能发病。
