基因工程疫苗重组活载体疫苗病毒活载体疫苗研究得较多，如用鸡痘病毒作为载体，表达成功的保护性抗原基因的就有新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、马立克氏病病毒、禽网状内皮组织增生症病毒、狂犬病病毒、传染性支气管炎病毒、艾美尔球虫等。2005年12月24日，农业部在北京宣布，我国已成功研制出禽流感新城疫重组二联活疫苗，并正式批准生产，这使得我国在高致病性禽流感防控技术方面继续走在世界前列。
基因工程亚单位疫苗已经制成并用于生产的主要有口蹄疫基因工程亚单位疫苗、鸡传染性法氏囊病基因工程亚单位疫苗，用于预防仔猪和犊牛下痢的大肠杆菌菌毛基因工程重组亚单位疫苗。
基因缺失疫苗目前已有多种基因缺失疫苗问世，如伪狂犬病基因缺失疫苗、霍乱弧菌基因缺失疫苗、大肠杆菌基因缺失疫苗等。
核酸疫苗现已研制成功的主要有猪繁殖与呼吸综合征核酸疫苗。在病毒性传染病方面的研究成果，有牛疱疹病毒、牛病毒性腹泻病毒、猪瘟病毒、口蹄疫病毒、轮状病毒、禽流感病毒、伪狂犬病病毒、狂犬病病毒。在细菌性传染病方面，有结核杆菌、肺炎球菌、破伤风杆菌、布鲁氏菌、肺炎霉形体。在寄生虫病方面，有囊虫、血吸虫、球虫、绦虫、锥虫、弓形虫和隐孢子虫。
合成多肽疫苗目前研究较多的有口蹄疫病毒、犬细小病毒、狂犬病病毒、流感病毒等。因为制造成本较高，合成多肽疫苗投放市场的不多。
抗独特型抗体疫苗针对乙型肝炎病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒等抗独特型抗体的研究较为活跃，但因其使用技术还不成熟，故临床应用尚需时日。病毒抗体复合物疫苗
这类疫苗含有病毒和抗体两种成分，虽然作用机制和方式还不太清楚，但免疫确实可靠，且安全性好。这类疫苗曾经使用的有猪瘟病毒抗体复合物疫苗、牛病毒性腹泻病毒抗体复合物疫苗、传染性法氏囊病毒抗体复合物疫苗，用于猪瘟、牛病毒性腹泻、鸡法氏囊病的免疫。二十世纪九十年代，国外研制成功了鸡新城疫抗体复合物疫苗。
转基因植物疫苗转基因植物疫苗使用了高等植物作为载体，有的植物是可以生食的，如黄瓜、胡萝卜、番茄等，有的植物可以作为饲料使用，如玉米、大豆等。已成功表达的抗原有大肠杆菌热不稳定毒素B亚单位、霍乱弧菌肠毒素B亚单位、乙型肝炎表面抗原、兔出血热病毒VP60蛋白、口蹄疫VP1蛋白、传染性胃肠炎病毒S蛋白、狂犬病病毒G蛋白等。这类疫苗的效果好，成本低，疫苗的植物载体易于保存，使用方便，市场潜力巨大，发展前景十分广阔。
T细胞疫苗用T细胞进行疫苗接种，这是近几年的新思维、新设想，在动物实验中取得了较理想的免疫效应。这类疫苗属于多肽疫苗，在治疗自身免疫性疾病和抗移植排斥反应中有独特的优越性。
