过氧乙酸杀菌作用强而快，对细菌、病毒、霉菌和芽胞均有效，且在低温时也有作用，可选用以下方法消毒：
（1）浸泡消毒：通常使用0．04％～0．2％的水溶液用于耐酸的塑料、玻璃等用具的浸泡消毒。
（2）喷雾消毒：使用0．05％～0．5％的水溶液用于喷雾消毒畜禽厩舍、饲槽、用具和食品厂车间的地面、墙壁等，在鸡舍可带鸡消毒，但消毒人员应戴防护眼镜、手套、口罩，喷后应密闭门窗1～2小时。
（3）熏蒸消毒：使用3%～5％的水溶液，加热熏蒸，用量按每1立方米1～3克过氧乙酸，并密闭门窗1～2小时，熏蒸时要保持室内60％～80％的相对湿度。
过氧乙酸水溶液的配制以实际含量来计算，使用0.1％的水溶液时（即1000毫升水中应含1克过氧乙酸），配法为在995毫升水中加20％的过氧乙酸5毫升（5毫升中含20％过氧乙酸为1克）。
