1、疫苗使用方法不正确
近年来常用的法氏囊灭活疫苗其使用方法一般有两种：一种是混在水里通过饮水进行接种；另一种是通过滴服进行免疫接种。有些养鸡户将两种方法混为一谈，往往图省事、把本来应该滴服接种的疫苗改为饮水接种，因其使用方法不当导致免疫失败；另外，有的养鸡户虽然利用饮水接种疫苗的方法正确，但因使用的自来水带有消毒药，或者使用金属类饮水器，或者停水时间不当，或者疫苗饮水时间过长（超过两小时以上）等，造成疫苗效价降低，从而影响了免疫效果。
2、疫苗接种的时间不适宜
据了解，有些养鸡户对购进来的雏鸡是否有母源抗体方面的知识知之甚少，并且也很不在乎；有的农户虽然对这方面的问题比较注意，但是对炕房孵化用的种蛋及其种鸡在产蛋前是否用法氏囊灭活疫苗接种过不了解（特别土炕孵的草鸡蛋），所以自己购的雏鸡母源抗体不清楚。这样，农户难以确定接种疫苗的恰当时间，有相当部分养鸡户对何时进行疫苗接种带有盲目性，其免疫效果也就存在不确切的可能性。如果接种的时间过早，则会中和雏鸡体内母源抗体，被中和的这些鸡就起不到免疫作用而还会发病；又如，若对疫苗接种的时间过晚，因雏鸡体内母源抗体低，则可能在预防接种前被病毒感染而发病。所以，有些养鸡户虽然对自己购来的雏鸡进行了法氏囊灭活疫苗的接种，但由于接种的时间不适宜，仍然有可能会发生传染性法氏囊病。
3、疫苗不对症
如果使用的法氏囊灭活疫苗毒株和当地抗原不一致，虽然进行了正确的预防接种也不能达到免疫的目的，鸡仍然还可能照常发病。
