肉种鸡的免疫安排应该以新城疫的预防为主线，对于种鸡还要做好传支的早期免疫。
一、新城疫与传支
1、新一支免疫要关注疫苗毒力的选择。要结合现场进行，毒力太强会有严重的呼吸道反应，造成上呼啦道黏膜及纤毛损伤，增加呼吸道疾病的易感性和呼吸道疫苗的不良反应；太弱，不能产生足够的保护力。会造成免疫失败。如果传染性支气管炎早期免疫失败。易出现假母鸡。
2、首先建议在雏鸡到场采食饮水6个小时后开始，让经过长途运输的鸡只有个休息的过程，切记不要在雏鸡盒内直接免疫。
3、正确的温湿度管理尤为重要。特别是一日龄现场喷雾免疫，高温，低温会加重新一支活苗对鸡只上呼吸道的损失，甚至可能是致命的。
二、球虫免疫
种鸡特别是垫料饲养的种鸡球虫免疫的好坏直接关系到肠道的健康、饲料消耗及均匀度的控制，直接影响着鸡群的健康和生产性能发挥。
1、采食均匀与适时扩群是关键。前四周不建议采用隔日饲喂或3／4限饲。
2、垫科不建议太厚。以5-10厘米为宜，有利于翻动和垫料的湿度控制，可促进球虫卵囊孢子化，获得良好的持续免疫力。
3、免疫后必要时进行药物控制。建议免疫后10-13天，用氨丙啉预防量控制，如有必要隔周后再次预防投药。
