过滤可分为物理过滤，化学过滤和生物过滤三种形式。三种形式既独立有统一，共同完成整个过滤过程。
物理过滤：过滤的一种必要形式，可将水里的悬浮粒子从水中分离出来并清除掉。大多数过滤器滤材均能在某种程度上对水体进行物理过滤。物理过滤滤材(如聚酯、滤水绵)效果非常好，可迅速隔离水中悬浮物质，使水质澄清。
化学过滤：主要起到控制并稳定水质的作用。 化学过滤滤材可除去水中的含氯成分，消除疾病处理后残留的药物，吸附和沉淀重金属离子，调节硬度和PH值等。（水质各特性我们可以使用各种基本的试验工具检测得到）。各种市售的化学过滤滤材（活性碳及树脂）可直接运用于化学过滤系统，为观赏鱼类和植物提供优良的生活环境。
生物过滤：过滤系统的重要组成部分，近些年来，生物过滤的重要性越来越受到人们的重视，也是各国研究与开发的重点。在水族箱里生物的生长过程会产生大量的氮代谢产物，其中对鱼类有毒害作用的有氨和亚硝酸盐，必须将其清除和转化成无毒成分，但物理和化学过滤都无法达到要求，只有应用生态平衡原理，通过生物过滤将有毒废物降解。著名的生物过滤菌种有硝化细菌、光合细菌等。硝化细菌：能稳定良好的栖息于生物过滤滤材（如生化过滤绵、生物球和生化瓷环）中；并能利用氨和亚硝酸盐两种含氮化合物作为能源，将其降解为硝酸盐（一种相对无毒的化合物）。硝酸盐在日常换水管理中容易控制含量，或者被水生植物吸收利用。氮循环即氨和亚硝酸盐和硝酸盐之间的变换和硝化。硝化细菌在正常的生长代谢下可担负这一重要的生态循环，但遇到以下两种情况必须添加菌种重新培养：
1、新鱼缸没有硝化细菌的存在，因此用新缸养鱼缺乏定氮能力；
2、治疗鱼病或长时间停电，导致硝化细菌大量死亡，鱼缸自净能力减弱
实际上硝化细菌分为两类。第一类为Nitrosomonas，负责把水中的氨转化为亚硝酸盐；第二类为Nitrobacter，负责把亚硝酸盐转化为硝酸盐。但我们习惯上把Nitrosomonas和Nitrobacter统称为消化细菌（Nitrifying Bacteria）。消化细菌的繁殖周期为8小时左右。但我们必须理解到水中的化学成分、温度、水体污染和溶氧等因素对硝化细菌的定氮效率是有影响的，因此保持稳定的温度， PH 和水质对于水族箱内所有生物的繁衍就变得十分的重要。
光合细菌：光合细菌是具有原始光能合成体系的原核生物的统称。光合细菌（photosynthetic bacteria,简称PSB），是一群能在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用硫化氢为供氢体，以二氧化碳为碳源，进行光合作用，把硫化氢转化为无害物质的微生物。同时也可净化亚硝酸盐和氨氮等有害物质，并提高溶氧量。光合细菌在水中繁殖时可释放出具有抗病力的酵素，可提高观赏鱼和水生生物的抗病力，明显减少发病率。光合细菌可作为观赏鱼的活性添加剂使用，它含有65%的蛋白质，氨基酸种类齐全，还含有丰富的B族维生素、生物素、辅酶Q等生理活性物质。可促进动物的生长发育，增强抗病能力，提高成活率。光合细菌生命力较硝化细菌弱，因此培养时间相对要长一些。
几种实用的过滤器：基本分有缸内过滤器、缸顶过滤、缸外涌形过滤。罗汉鱼是一种吃得多拉得多的鱼，缸内过滤效果有限；桶形过滤清洁麻烦；缸顶过滤有足够过滤的空间，结构比较简单，在过滤及清洁管理上容易达到效果。过滤的材料有：物理滤材、化学滤材和生物滤材。
这三种滤材的摆放次序一般是从缸顶过滤来比喻：头三层是海绵物理过滤，第四层是化学过滤，第五层是生物过滤。
在清洁滤材时，只能清洁第一层或第二层的滤棉。因为过滤不单只是一个物理过滤，而且还能提供生物过滤效果，让硝化菌在里面繁殖。清洁过滤器的要点是把大型的脏废物从密封的系统中抽出来。减少系统的负担。但必须要注意到这个清洁不能把有用的硝化菌洗掉太多。所以，在清洁过滤棉时，每次只把第一层或第二层的过滤棉洗净，不要把所有材料都洗，以免把大量硝化菌洗掉，影响系统里面的生物过滤平衡。
