第一次挑选：在仔鱼孵出后的20～30天内进行，当鱼体长到3cm左右开始。主要是选留体质健壮，游动活泼，品种特征明显的个体，对于其他个体淘汰掉，或另行培育出售。但因品种不同，其生长速度和形成斑纹的时间也不相同。例如：昭和三色锦鲤约在孵化后15天左右开始挑选，黄金类锦鲤则从孵化后50天左右开始，红白系列和大正三色系列的锦鲤从孵出后60天左右开始。
第二次挑选：在第一次挑选后20天左右开始。选择标准为鳍形的好坏，色彩鲜艳与否，图案斑纹是否清晰，品种特征是否明显等等。此后的第三四次挑选与第二次挑选基本相同。
