影响水中的化学物质和有毒物质的主要因素有生物的活动、水源、底质以及气候的变化。如鱼池长期不清整，以至鱼类的残饵等有机物堆积过多，在微生物的分解过程中，一方面消耗池水中大量溶氧，同时还会放出硫化氢、沼气、碳酸气等有毒气体，这些气体集聚到一定数量后，影响到水质，不但不利于鱼的生长，还有利于病原微生物的繁殖，危害鱼类。有些藻类，如微囊藻繁殖过盛时，在夜间消耗氧气使水中溶氧降低，洞时这些藻类死后，能分解产生毒素导致鱼类生病。有些地方，鱼池的土壤中铅、汞等重金属盐类含量较高，当鱼苗鱼种长期生活在这种环境中，容易引起弯体病。有些地方所用水源受到污染，或者工厂废水直接排入江河、水库、湖泊之中，给水体带来不同程度的污染，这些废水中的各种有毒物质，导致鱼肉变味，鱼类生病甚至死亡，并破坏了鱼类饵料的基础，接威胁到渔业生产。
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