福尔马林有腐蚀性和毒性，可引起鳃组织发炎，降低水体溶氧，见光易分解，不宜与漂白粉、鱼康、鱼安、高锰酸钾、甲基蓝等氧化性药物混用。
生石灰现配现用，晴天用药效果更佳。不宜与漂白粉、鱼康、鱼安、钙、镁、重金属盐、有机络合物等混用。
漂白粉不能与酸类、福尔马林、生石灰等混用。
高锰酸钾长时间使用本品易使鳃组织受损伤，药效受有机物含量、水温等影响。与有机物如甘油、酒精等会还原脱色失效，与氨及其制剂呈絮状沉淀失效。因此不宜与氨制剂、碘、酒精、鞣酸等混用。与甘油、药用莜酸研磨可产生爆炸。
二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸钠现配现用，宜在阴天傍晚施药，避免使用金属器具。保存于干燥、通风处。不与酸、铵盐、硫磺、生石灰等配伍混用。二氯异氰现配现用，药效受有机物含量、光照等影响。不得用金属器皿成装，不宜与其他消毒剂混用。
季铵盐不可与其他阳离子表面活性剂、碘制剂、高锰酸钾、生物碱及盐类消毒药合用。
新洁尔灭不能与碘、碘化钾、过氧化钠、氧化剂合用；不能与肥皂、洗衣分等表面活性剂合用；与氨水、氨盐类生成爆炸性磺化物；与碱类生成碘酸盐；与重金属盐类生成黄色沉淀。碘及其制剂密闭避光保存于阴凉干燥处，杀菌效果受水体有机物含量的影响。与硫代硫酸钠共享氧化脱色；与生物碱共享会变蓝色；与龙胆紫共享疗效减弱；与挥发油、脂肪油共享分解失效；与一些呋喃类药物合用有拮抗作用；因此不宜与碱类、重金属盐类、硫代硫酸钠、季铵盐等混用。
青霉素与碱性药物如ST注射液等逐渐失效；与酸性药物如四环素分解失效；与氧化剂碘酊、高锰酸钾、过氧化氢溶液破坏失效；与重金属盐类沉淀失效。
氯霉素与强碱及强酸性溶液破坏试销；与青霉素、先锋霉素、卡那霉素、庆大霉素合用可能产生拮抗作用；有免疫抑制作用，疫苗免疫期间禁止使用。
土霉素避光保存，和青霉素合用，抑制青霉素的杀菌作用；与中性及碱性溶液合用，分解失效；不与对肝脏有毒性的药物合用；Ca2+、A13+、卤素、碳酸氢钠、凝胶等可影响本品吸收。
金霉素与复方碘溶液沉淀失效。
四环素与生物碱试剂沉淀失效；不能与含氯消毒剂合用；与挥发油、脂肪油共享分解失效。
罗红霉素不宜与麦角胺或二麦角胺配伍。
庆大霉素抗菌作用受PH影响较大，在碱性环境中抗菌作用增强；不可与两性霉素B、肝素钠、邻氯青霉素等配伍合用。
卡那霉素毒性较大，须慎用；不宜与碱性药物配伍，以免增强毒性作用。
恩诺沙星与氯霉素、呋喃类共享会降低药作用。
氟哌酸避免与制酸药氢氧化铝、三硅酸镁等同时配伍服用；与氯霉素、利福平、呋喃类药物有拮抗作用，不宜配伍合用。
环丙沙星不宜与氨茶碱、阿霉素及呋喃妥因等合用；抗酸药抑制本品吸收，避免同时服用。
氧氟沙星不宜与四拉沙星毒副作用低，与其他药物无交叉耐药性，对已对抗生素、磺胺类、呋喃类药物产生耐药的菌株仍非常敏感。
喹诺酮类与氯霉素、利福平用具有拮抗作用；使荼淀酸、氟哌酸作用消失；使氟哌酸和环丙沙星的作用部分消失；与青霉素、先锋霉素、卡那霉素、庆大霉素合用可能产生拮抗作用；与二价或三价阳离子等生成不溶性络合物。
硫酸铜与氨溶液生成蓝色沉淀；与酸及其制剂生成暗褐色沉淀；与碱性液体生成深蓝色沉淀；放置或加热呈现黑色。
敌百虫不能与碱性药物混合使用；溶液长久放置分解失效；与阿托品磷毒一起用拮抗失效。
呋喃类不能与荼淀酸、制酸剂苯巴比妥配伍。
磺胺类药与酸性液体析出沉淀；与生物碱液体析出沉淀；与普鲁卡因疗效减弱或无效；与5%磷酸氢钠注射液析出沉淀。
