在治疗上，应该采取相应的措施，一种即使对虫体很有效的药物，都需要连续使用3个~7个疗程，才能完全杀死虫体，两疗程之间间隔一定的时间，间隔期的具体长短视水温而定。
3、注意控制水温和渗透压：当环境不适，特别是低温时，小瓜虫成虫并不立即形成胞囊而先分裂，有的中途死亡，有的分裂到一定数目中途再产生胞囊或不形成胞囊。而在高温时，胞囊内孵出幼虫所需的时间随温度升高而变短，囊壁厚度随水温升高而变薄。所以温度升高或者降低都是控制病情的有利因素。小瓜虫对外界渗透压十分敏感，所以要好好利用这一特性。利用食盐刺激小瓜虫离体之后再杀灭离体小瓜虫也是一个非常好的治疗办法。
据Buschkiel指出，小瓜虫侵入真皮层会损害血管。Ptugtelder（1950）证实小瓜虫还可以侵入头部肌肉。治疗用药不易将虫体杀死，原因是它们已集中到真皮内，被药杀死的仅是自由游泳阶段的虫体。这种虫体从自由游泳到进入皮肤寄生约需3天时间。预防方法是将鱼转入大池塘里疏养，可避免病鱼相互接触传染。
4、治疗方法：
（1）用醋酸铜0.3ppm全池遍洒。
（2）用2%~3%浓度的食盐水药浴5分钟，有一定疗效。
（3）以亚甲基蓝全池泼洒，使池水成3ppm浓度，每隔3天~4天洒一次，反复进行3次~4次。
（4）以硝酸亚汞全池泼洒（只适于观赏鱼），浓度为0.1ppm。
（5）用辣椒粉和生姜水全池泼洒，浓度分别为2ppm和1ppm。
（6）国外学者设置特别的水槽，这种水槽壁上有不大的孔，当鱼沿着水槽前进时，这些孔就会喷出细而急的水柱射到鱼身上，将皮肤上的囊包冲走，小瓜虫就从鱼体表面掉下。
（7）采用改变生态条件的办法，在小瓜虫病流行季节，引用矿泉水或者工厂排出的干净温水来提高池水温度至26℃~30℃，保持4天~10天，能有效地使小瓜虫从鱼体身上脱落，然后将脱落的虫体用清扫鱼池和换水的方法清除。
