为了促进藏獒的选育、提纯和品质改良，仅仅重视对藏獒的选择是不够的，还必须注意并加强藏獒的配种。但不是藏獒在原产地的自然交配，而是人们有目的、有意义地选取在性状表现、性能特征乃至亲缘关系等方面有一定特色的公母犬进行交配。
等级选配 即按藏獒综合评定等级标准对与配公母犬进行等级评定，确定公母犬的等级后，再确定公母犬的配对或交配。通常公犬的评定等级应高于母犬，每世代主配公犬应达到特级，不低于一级，个别具备独特性能或特征母藏獒容许二级。公犬的等级按特级或一级要求，原因在于公犬影响面大。
保持血统 保持血统的意义在于保持以血统为特征的不同犬类型。据调查，藏獒有6种基本毛色，并各自在头形、嘴形、尾形、被毛分布、气质品位等方面具有特色。按血统选择公母犬交配，可以有效地把不同血统公母犬所具有的性状与特征集合在一起，创造出理想的藏獒个体，也可以把各血统藏獒所具备的优良性能和特征稳定下来并保持下去。
品质选配 这种交配方式是根据公母犬的品质对比而决定是否交配。即选取在性状表现、性能特征、气质表现以及与适应性有关的性状上相同或不相同的个体进行交配。根据与配公母犬在体型、外貌、体质、体尺以及毛色等方面的表现，有时可以进行同质交配，有时可以进行异质交配；有时可先同质、后异质；也可某几个性状上是同质，另外的性状上却可是异质。在决定毛色的染色体的同一位点上至少存在着6对等位基因，这些等位基因之间存在着显性、等显性、无显性等不同关系。
例如，黑色公犬交配红棕色母犬，后代有黑色、红棕色、巧克力色，呈无显性遗传。如果用红棕色公犬与黑色母犬交配，即反交，后代中除出现黑色与红棕色幼犬外，还会有狼青色个体出现。除纯黑色、四眼毛色犬外，其他如红棕色、杏黄色藏獒在幼小阶段都表现着色程度不同的青灰色胎毛，3月龄左右，胎毛逐渐退去，开始出现黄色或红棕色。判断足月小犬未来颜色最重要的部位是耳后的毛色。
根据耳后的毛色基本可以确定一生的毛色。在藏獒中所占比率最高的四眼毛色，虽然生来具有，但眉斑有大小，颜色有深浅。标准的四眼毛色应该为眉斑大而圆，斑缘整齐、清晰，颜色以红色最佳，黄色较好，白色四眼较差。
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