① 室内越冬：10-11月份天麻的箱栽基本完成，可以放在室内保管。室内温度保持在1-5℃，让天麻度过50天的休眠期。50天以后，室内最好有取暖设备，逐渐升温，但千万不能使室温忽高忽低。如果在冬季就能使天麻萌发，开始正常生长，延长了天麻的生长期，易获得高产。例如阜新地区科委经试验，室内温度保持在20℃以上、25℃以下时，箱栽天麻只给30-40天的休眠期，然后放在20-25℃的房间内，天麻很快就萌发，并且天麻与蜜环菌的接菌很好，天麻很快就进入生长旺季，大大延长了天麻的旺季生长期，这给天麻增产创造了有利条件。这种做法，天麻的生长期几乎是一整年，其产量是春栽的2倍。
如果将天麻箱放在火坑上越冬也可以。有的天麻栽培专业户将40箱天麻分2层保存在两间房大小的火炕炕梢，给火炕天天加温，使箱内培养料的温度保持在15-18℃，培养料内的湿度为30%-35%，下层天麻很快就萌发了。然后将下层箱倒到上层，上层倒到下层，这样，下层箱天麻又很快萌发了。为了使天麻正常生长，每隔一周使天麻箱上下交换一下位置。天麻萌发之后才开始浇水。这种做法在严寒的冬季可以使天麻生长良好，提高了天麻的产量。生产实践证明：在冬季如果有取暖设备，使天麻尽早萌发，尽快解除休眠期，并让天麻与蜜环菌尽快结合上（接上菌），可大大提高天麻的产量。如果没有取暖设备，第二年的2-3月份温度逐渐上升时再栽培天麻，蜜环菌和天麻也能正常生长繁殖，但没有秋冬栽麻的产量高。
越冬期间箱内培养料的湿度控制在30%-35%，室内的相对湿度以45%-50%为佳。如果湿度太大，室温在10℃以上时，天麻处于休眠状态，而蜜环菌处在生长发育状态，蜜环菌便从天麻中吸取营养，造成大量烂麻。在天麻萌发之后，如果室温在15℃左右时，湿度要控制在45%-50%；当室内温度上升到20℃时，箱内培养料的湿度可控制在55%-60%。
② 室外越冬：在房前后选择向阳背风较温暖的地方，搭个双层塑料棚。双层塑料棚的前墙高1.7-1.8米，后墙高2米，宽4.5-5米，长度可根据麻箱的多少而定。用木杆或钢筋搭架，先固定内层膜（墙内壁也包好塑料膜），再固定外层膜，两层膜的间隙应为15-20厘米。外层膜应把墙外层包好，且将塑料四周埋入地下45厘米深。留的门用双层塑料膜封好，保证不透风。在外围四周，紧靠围墙要挖深、宽各60厘米的防冻沟，沟内填满树叶或杂锯末，并用杂锯末堆到墙根约30厘米高。阴天或雨天之前，要覆盖保温棉被或雨布，睛天打开；晚上盖好，白天打开。3月份随着气温升高，可去掉一层塑料膜，变成单层塑料棚。使用中国农业科学院特产研究所设计的双层塑料棚，天麻箱栽越冬获得成功。
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