马达加斯加大头侧颈龟数量稀少，是受保护的濒危物种之一，在原生地，马达加斯加大头侧颈龟经常会遭到人们的猎杀。马达加斯加大头侧颈龟的个体较大，经常会误入捕鱼网，被人们捕捉。
马达加斯加大头侧颈龟是世界上濒危的龟种之一，名列海龟保育基金（TFC）前25名濒临灭绝的物种。它有一个坚硬的黑褐色外壳，包裹着龟只的身体。幼龟的甲壳上会有细的黑线，但随着年龄的增长会渐渐消失。此龟种只分布在马达加斯加西部低地地区。这个物种的主要威胁是，它们被当作人类的食物，亦有些会被夹在鱼网、渔陷阱和钩线内。它们也会被猎杀，非法出口到亚洲的传统医药和宠物市场。另一个威胁是土地开发破坏其自然栖息地。
马达加斯加大头侧颈龟的保护不仅在于禁止滥捕行为，如果允许的情况下，可以建立一个饲养场，专门做繁殖，加快其数量恢复的进程，这样一来，野生动物得到保护，也可以满足人们饲养的欲望。
