可以说乌龟大部分的时间几乎都在水中度过，因此养龟水质是关键，因为无论是饮食还是排泄乌龟都在水中进行，所以保证水质的清洁是十分重要的。如果长时间不换水的话，那么很容易对其造成感染，从而衍生出一些疾病。
一般饲养水龟多用自来水，基本上属于中性水，其硬度、酸碱度都符合饲养水龟的要求，所以在这方面不必过多担心，但是，自来水用来饲养水龟时，必须除掉其中的氯气。主要方法是晾晒法、化学法。晾硒法即在烈日下晒二天，或者在缺光处晾4一6天才可使用。化学法即用硫代硫酸钠除氯，其比例为每10公斤水加1克硫代硫酸钠，搅拌溶解后，即可使用。
水龟不断排泄粪便，水中残留的洱料也在不断地氧化和腐烂，所有这些都会产生有害物质，使水质变环，影响龟正常的活动，使龟患病以至死亡。所以要经常的及时的给其换水，以保持水质清新，使龟龟能正常地生长。换水分部分换水和全部换水。部分换水又叫“兑水”，就是用虹吸管将鱼缸底的龟粪便、残饵料及其它污物吸出。
吸水量以缸内水量的四分之一左右为宜，大鱼缸则可少吸一定的比例，总之要视具体情况而定。脏水吸出后，要加入同量、同温的经过晾晒或化学除氯的新水，若水温低，可加开水或用加热器将水加热至缸里水温为止，再将新水兑入缸内。兑水的次数以秋冬季每周二次为宜;春夏季每周三次为宜。
全部换水是缸里污物较多，水草和底沙需要重新清洗时所应进行的，全部换水应将鱼缸里所有设备全部取出，将水草拿出，将龟龟全部捞出，暂时放在与原水同温的其它容器里，用海绵或沙布将缸壁及缸底擦洗干净，然后将水全部吸出。必要时再用少量浓盐水清洗一遍、再用清水冲洗一遍。底沙及水草都应清洗一遍，底沙最好用浓盐水洗一遍，然后冲净，再重新装缸。全部换水的次数以两周至一个月一次为宜，但若水质发生变化则应随时换水。
