在特种水产养殖金钱龟等龟鳖业发展上，水产的养殖行业因为是新兴行业，往往很容易与当地环境政策脱节而没有人为管理，所以会有污染的产生。这主要表现在二个方面：
一、政策制订环节上的脱节。大力发展特种水产金钱龟等龟鳖养殖业一直是农业部门的政策目标，各级农业部门都将龟鳖业发展做为农村产业结构调整、实现农业增长的重要内容加以推行，由于环境保护不是其核心职能，因此龟鳖养殖污染防治在其政策目标中没有得以充分体现。同样，过去由于农村和农业的环境保护职能不在环保部门，加之受人力、物力和财力所限，环保部门主要加强了城市和工业的污染防治，所以，龟鳖养殖污染也没有被纳入其水污染、大气污染、固废污染防治的重点内容。这样，龟鳖养殖的环境管理在强调产业发展的背景下，出现了所谓的“政策真空”。
二是政策执行过程中的脱节。在政策的执行过程中，这种政策制订上的脱节不断被放大，在基层环境管理中，农业部门促进包括龟鳖在内的农业发展的职能非常明确，但是，环保部门包括龟鳖养殖业污染在内的农村环境管理问题却缺乏相应的职能和手段，因此，龟鳖养殖业的污染防治与环境管理相当薄弱。
三是受职能影响，各级环保部门对龟鳖废弃物污染环境问题重视和管理不够。长期以来，农业生产中的环境管理一直是农业行政主管部门的职责，各级环保行政主管部门受职能限制对农业环境的管理基本是空白。加之规模化龟鳖养殖是近十年来发展起来的，现行的环境管理法规、制度、标准主要针对城市和工业污染源，对畜牧业生产企业没有执行环境影响评价和“三同时”制度等制度，因此各级环保部门尚未对龟鳖废弃物的环境污染实施有效的环境管理。而且大中型龟鳖饲养基地的建设，是各地作为市政府“菜篮子工程”的重要组成部分，对于保障城市副食品供应意义重大，不可简单地实施“关、停、并、转”，环保部门对其监督管理相当困难。
