北部黑瘤地图龟的外观就像所有地图龟一样，都有着地图一样斑斓的图案，但是北部黑瘤地图龟还是很容易辨认的，是因为他背部有着棘刺一样的黑瘤，是他最明显的标志。
北部黑瘤地图龟最大甲长19.1公分。前方椎盾的前缘部位有明显的黑色瘤状突起，且背甲上具有黄色细纹。眼部后方的黄斑均向后延伸，在左右两边合流后呈现出Y字型模样。此外，背甲后缘呈明显的锯齿状。幼年背甲颜色较浅，随着年龄的增加，颜色逐渐变深。
稚龟背甲斑纹不明显，呈漩涡状，突起的黑瘤也很明显，成年后斑纹与底色的区分明显，所以看上去会更明显。头部斑纹与身体上的图案交相呼应，形成很好的保护色，最大的特点就是眼后那一抹黄色的横纹，与其他位置的斑纹有区别，并在头部形成很好看的Y字形。
背甲大体呈圆形，但边缘呈锯齿状，稚龟明显，成龟会齿状会变小，且边缘一圈的图案像剪纸一样突然消失，并没有根据形状在生长图案。
